Genom-dækkende foreningsundersøgelse identificerer nye loci for type 2-diabetes-tilskrevet slutstadie nyresygdom hos afroamerikanere
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik146, Stephen S. Rich146, Stephen S. Rich , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* og FIND Consortium
Abstrakt
Baggrund: Slutstadietnyresygdom(ESKD) er et væsentligt folkesundhedsproblem, der uforholdsmæssigt påvirker afroamerikanere (AA'er). Type 2-diabetes (T2D) er den førende årsag til ESKD i USA, og indsatsen for at afdække genetisk modtagelighed for diabetisk nyresygdom (DKD) har haft begrænset succes. En tidligere genomomfattende associationsundersøgelse (GWAS) i AA'er med T2D-ESKD blev udvidet med yderligere AA-tilfælde og kontroller og genotyper tilskrevet 1000 Genomes-referencepanelet med højere densitet. Opdagelsesanalysen omfattede 3432 T2D-ESKD-tilfælde og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (N = 10,409), efterfulgt af en diskriminationsanalyse i 2756 T2D-ikke-nefropatikontroller for at udelukke T2D-associerede varianter.
Resultater:Seks uafhængige varianter placeret i eller i nærhedenRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, ogAPOL1opnået signifikant association i hele genomet (P <5×>−8) med T2D-ESKD. Efter udvidelsesanalyser i 1910ikke-diabetikerESKD-tilfælde og 908 ikke-diabetiske non-nephropati-kontroller, en metaanalyse af 5342 AA ESKD-tilfælde af alle årsager og 6977 AA-ikke-diabetiske non-nephropati-kontroller afslørede et yderligere nyt ESKD-locus kl.EFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ELLER=1.94). Udelukkelsen afAPOL1nyrerisiko-genotypebærere identificerede to yderligere genomomfattende signifikante T2D-ESKD-associerede loci vedGRAMD3ogMGAT4C. En anden variant klGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ELLER=1.46) forblev forbundet med ESKD af alle årsager iAPOL1-negativ analyse.
Konklusioner:Resultater giver yderligere bevis for genetiske faktorer forbundet med fremskreden nyresygdom hos AA'er med T2D.
Nøgleord:Afroamerikanere, Genom-dækkende foreningsundersøgelse, Type 2-diabetes, diabetisk nyresygdom,Nyresygdom i slutstadiet
For mere information kontakt venligst:emily.li@wecistanche.com
Introduktion
Stigende beviser tyder på, at genetiske faktorer spiller en stor rolle i følsomheden over for slutstadietnyresygdom(ESKD). Dette er især relevant hos afroamerikanere (AA'er), hvor forekomsten af ESKD er mere end tre gange større end europæiske amerikanere (EA'er) [1]. Dødelighedsraterne for ESKD-, dialyse- og transplantationspatienter er henholdsvis 136, 166 og 30 pr. 1000 patientår og tegner sig for 7,2 procent af Medicare-betalte skadesomkostninger [1]. Diabetes, hvoraf 95 procent af patienterne har type 2-diabetes (T2D), er fortsat den førende rapporterede årsag til ESKD i USA og tegner sig for > 44 procent af tilfældene [1]. Forbedringer i glykæmisk, lipid- og blodtrykskontrol har ikke markant reduceret forekomsten af diabetikerenyresygdom(DKD) [1, 2]. Derudover er familiær aggregering af DKD uafhængig af socioøkonomisk status og etablerede miljømæssige risikofaktorer [3, 4]. Selvom G1- og G2-allelerne i apolipoprotein L1-genet (APOL1) bidrager til 50-70 procent af ikke-diabetisk ESKD i AA'er, forklarer de ikke fuldt ud den overskydende risiko for T2D-tilskrevet ESKD (T2D-ESKD) i denne population [ 5-7].
Genom-wide association studies (GWAS) har identificeret > 70 genom-wide signifikante varianter forbundet med kroniskenyresygdom(CKD), albuminuri eller nyrefunktion i europæiske stampopulationer [8-11]. Imidlertid var få loci forbundet med DKD i forskellige populationer, og de replikerer ikke konsekvent, delvist på grund af begrænsede prøvestørrelser [12-18]. Ætiologien af nyrekomplikationer hos patienter med T2D er sandsynligvis mere heterogen end hos patienter med type 1-diabetes [16]. Derfor er omhyggelig fænotypning og større stikprøvestørrelser påkrævet for at forbedre den statistiske styrke. For at udforske den genetiske arkitektur af fremskreden nyresygdom i T2D udvidede vi vores tidligere GWAS (2890 ESKD-patienter og 1719 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller) til en større prøve af AA'er med sværenyresygdom. Associationsanalyser blev udført i seks uafhængige AA-kohorter (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; og koronararterierisikoudvikling hos unge voksne, CARDIA) for T2D-ESKD eller ikke-diabetisk ESKD gennem et flertrinsstudiedesign (fig. 1). Dette omfattede 15.075 AA'er klassificeret i fire fænotypiske grupper: T2D-ESKD-tilfælde (N=3432), ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (N=6977), T2D-manglende nefropatikontroller (N {{16} }), og ikke-diabetiske ESKD-tilfælde (N=1910).
I opdagelsesstadiet blev GWAS udført i 3432 T2D-ESKD-tilfælde og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller efterfulgt af en diskriminationsanalyse for at udelukke T2D-associerede loci i 2756 T2D-ikke-nefropatikontroller. Ekstensionsanalyser blev udført i 1910 AA'er med ikke-diabetisk ESKD og 908 non-nephropati kontroller for at vurdere bidraget fra T2D-ESKD-associerede loci til ikke-diabetiskenyresygdom. En metaanalyse af diabetiske og ikke-diabetiske ESKD-tilfælde vurderede genetiske associationer i ESKD af alle årsager. APOL1-associerede former for ikke-diabetikerenyresygdomog T2D eksisterer ofte side om side hos patienter. Som sådan har mange diabetespatienter mednyresygdomkan være fejlklassificeret som havende DKD, da diagnostisknyrebiopsier udføres normalt ikke. Heri blev en anden GWAS-analyse, der ekskluderede individer med APOL1-genotyper med nyrerisiko, udført for at minimere fejlklassificering af T2D-ESKD.
Resultater
Studieoversigt
Denne undersøgelse har > 80 procent effekt til at detektere almindelige varianter (MAF større end eller lig med 0,10) med moderat effekt (ELLER større end eller lig med 1,3) ved et signifikansniveau på 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). I alt syv genom-brede signifikante loci (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Studiedeltageres kliniske karakteristika
Tabel 1 og 2 indeholder detaljerede karakteristika for deltagerne i undersøgelsen. ESKD-tilfælde blev rekrutteret fra WFSM (Affy6.0, Axiom og MEGA), FIND og ARIC-undersøgelser. Personer med T2D-ESKD eller T2D-manglende nefropati var ældre (eller af lignende alder) sammenlignet med de ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller ved rekruttering. Gennemsnitsalderen ved diagnosticering af T2D i T2D-ESKD-tilfælde og T2D-manglende nefropatikontroller var imidlertid yngre end ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller ved rekruttering. Alle T2D-non-nephropati-kontroller og ikke-diabetiske, non-nephropati-kontroller havde normal eGFR større end eller lig med 60 ml/min/1,73m2. Derudover havde ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fastende glukoseniveauer < 126="" mg/dl.="" kontroller="" med="" t2d-manglende="" nefropati="" var="" mere="" overvægtige="" end="" t2d-eskd="" eller="" ikke-diabetiske="" eskd-tilfælde="" og="" ikke-diabetiske,="" ikke-nefropati-kontroller,="" bortset="" fra="" at="" t2d-eskd-tilfælde="" i="" aric="" var="" mere="" overvægtige="" end="" de="" andre="">
Fase 1 og fase 2 T2D-ESKD associationsanalyse
I fase 1-opdagelsen blev GWAS udført separat i tre datasæt: (1) 1513 T2D-ESKD-tilfælde og 5299 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller genotypet på Affy6.0, bidraget af WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA og CARDIA (trin 1a); (2) 1700 T2D-ESKD-tilfælde og 770 ikke-diabetiske ikke-nephropati-kontroller fra WFSM genotypet med Axiom Biobank-genotype-array (stadie 1b); og (3) 219 T2D-ESKD-tilfælde og 908 ikke-diabetiske, ikke-nefropatikontroller fra WFSM genotypet på MEGA (stadie 1c). En metaanalyse (stadie 2) blev udført for at kombinere associationsresultater for 3432 T2D-ESKD-tilfælde og 6977 ikke-diabetiske, ikke-nefropatikontroller fra stadier 1a, 1b og 1c. En inflationsfaktor λ på 1,013 blev observeret efter korrektion for genomisk kontrol (Yderligere fil 1: Figur S1), hvilket tyder på, at befolkningsstruktur og kryptisk slægtskab var tilstrækkeligt justeret. Blandt varianter, der viser suggestive associationer (P < 1="" ×="" 10−5),="" blev="" 59="" varianter="" med="" i2="" større="" end="" eller="" lig="" med="" 80="" procent="" udelukket="" på="" grund="" af="" høj="" heterogenitet="" i="" effektstørrelser="" på="" tværs="" af="" undersøgelser.="" i="" alt="" 478="" resterende="" varianter="" blev="" vurderet="" i="" en="" diskriminationsanalyse="" (81="" af="" dem="" opnåede="" genomomspændende="" betydning;="" yderligere="" fil="" 1:="" tabel="">
Fase 3 diskriminationsanalyse
For at bestemme, om T2D-ESKD-associationerne identificeret i trin 1-metaanalyse var drevet af association med T2D i sig selv, blev der udført en diskriminationsanalyse for T2D, der kontrasterede 2756 AA'er med T2D-manglende nefropathy med 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fra trin 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Yderligere fil 1: Tabel S3). Vi udelukkede efterfølgende 174 af 478 T2D-ESK D-associerede varianter nominelt forbundet med T2D i fravær af nefropati. Blandt de resterende T2D-ESKD-foreninger opnåede topvarianter, der repræsenterede 6 uafhængige foreninger, betydning for hele genomet (tabel 3, fig. 2a). Den stærkeste association blev observeret for rs9622363 lokaliseret ved APOL1 (P=1.42 × 10-10, ELLER=0.77, EAF=0.45). Denne variant var i moderat koblingsubalance (r2=0.33 og 0.34, henholdsvis i YRI) med APOL1 G1-allelerne (rs60910145, rs73885319) forbundet med ikke-diabetisk ESKD [6]. Den næststærkeste association var ved rs58627064, en intergen variant placeret nær SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, ELLER=1.62, EAF=0.06). To uafhængige signaler, rs142563193 (P=1.24 × 10−8, OR=0.74, EAF=0.23) og rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , OR=2.26, EAF=0.02) på henholdsvis kromosom 17 lokaliseret nær ENPP7, var også signifikante for hele genomet. Derudover to tilknytninger til T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , ELLER=1.67, EAF=0.05) placeret i GNG7 og rs72858591 (P=4.54 × 10−8, ELLER=1.43, EAF=0.10) placeret i RND3/RBM43 blev identificeret (fig. 1a).
Fase 4 ikke-diabetisk ESKD-analyse og fase 5 ESKD-metaanalyse med alle årsager
Efter diskriminationsstadiet blev 304 varianter, der udviste suggestiv association med T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10-5="" ),="" testet="" i="" 1910="" uafhængige="" ikke-diabetiske="" eskd-tilfælde="" og="" 908="" kontroller="" fra="" stadium="" 1c.="" målet="" med="" fase="" 4-analysen="" var="" at="" evaluere="" bidraget="" fra="" t2d-eskd-associerede="" loci="" til="">nyresygdom. Efter at have ekskluderet varianter med heterogenitet I2 Større end eller lig med 80 procent, var 25 varianter nominelt forbundet med ikke-diabetisk ESKD (P < 0,05).="" stærke="" associationer="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" blev="" observeret="" i="" apol1-myh9-regionen,="" hvilket="" bekræfter="" deres="" rolle="" hos="">nyre sygdom. En ESKD-metaanalyse af alle årsager, herunder 5342 ESKD- og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller, blev udført for at evaluere generaliserbarheden af de 25 T2D-ESKD-associerede varianter med bredere former for ESKD (stadie 5). Femogtredive genomomfattende signifikante varianter på to loci blev fundet at være forbundet med ESKD af alle årsager, herunder 15 varianter inden for eller nær EFNB2 og 20 varianter ved APOL1 (fig. 1b). Den øverste association i APOL1 var rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), og topsignalet nær EFNB2 var rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , ELLER=1.94, EAF=0.023) (Tabel 4, Fig. 2b). Fire yderligere uafhængige loci viste suggestiv association (P <5 ×="" 10−6)="" med="" eskd="" af="" alle="" årsager="" ved="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" og="" sybu/kcnv1="" (tabel="" 4,="" fig.="">
Associationsanalyse eksklusiv APOL1 nyrerisiko-genotypebærere
En sekundær analyse blev udført med ekskludering af APOL1 nyrerisiko-genotype-bærere i T2D-ESKD-tilfælde og ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (APOL1-negativ model) for at berige for T2D-associeret ESKD. Grundlinjemodellen viste en stærk sammenhæng mellem APOL1 og MYH9 med T2D-ESKD (tabel 3, fig. 1a), hvilket tyder på, at nogle tilfælde kan være blevet fejlklassificeret og mere sandsynligt havde ikke-diabetisk ESKD. I alt 664 T2D-ESKD-tilfælde og 918 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller blev ekskluderet fra fase 1-analyse, hvilket efterlod 2768 T2D-ESKD-tilfælde og 6059 kontroller i den APOL-1-negative model. Nominelle associationer med T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5)="" blev="" observeret="" med="" 522="" varianter="" (66="" af="" dem="" opnåede="" genomomspændende="" betydning;="" yderligere="" fil="" 1:="" tabel="" s2),="" og="" disse="" blev="" udvalgt="" til="" trin="" 3="" diskriminationsanalyse.="" to="" hundrede="" og="" treogtyve="" varianter,="" der="" havde="" bevis="" for="" association="" med="" t2d="" i="" sig="" selv="" (yderligere="" fil="" 1:="" tabel="" s4)="" og="" 24="" varianter,="" der="" viste="" stærk="" heterogenitet="" (i2="" større="" end="" eller="" lig="" med="" 80)="" i="" meta-analysen="" blev="" fjernet.="" blandt="" de="" genom-dækkende="" signifikante="" varianter="" identificeret="" i="" basislinjemodellen,="" viste="" rs142671759="" i="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" en="" konsekvent="" tilknytning="" til="" t2d-eskd="" i="" den="" apol1-negative="" model.="" to="" yderligere="" varianter="" nåede="" genom-dækkende="" betydning,="" rs75029938="" i="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" or="1.89," eaf="0.042)" og="" rs17577888="" i="" mgat4c-regionen="" (p="3.87" ×="" 10−8,="" eller="0.67," eaf="0.087)" (tabel="" 5,="" fig.="">
Vi testede yderligere 275 suggestive T2D-ESKD-foreninger, der bestod diskrimination og havde I2 < 80="" i="" 1019="" yderligere="" aa-ikke-diabetiske="" eskd-tilfælde,="" der="" udelukkede="" apol1="" nyrerisiko-genotype-bærere.="" femten="" varianter="" viste="" nominelle="" tegn="" på="" sammenhæng="" med="" ikke-diabetisk="" eskd.="" disse="" blev="" efterfølgende="" testet="" i="" en="" eskd-metaanalyse="" af="" alle="" årsager,="" herunder="" 3787="" eskd-tilfælde="" af="" alle="" årsager="" og="" 6059="" ikke-diabetiske="" ikke-nefropatikontroller,="" hvoraf="" bærere="" af="" apol1="" nyrerisiko-genotype="" var="" udelukket.="" en="" 2-baseparsletning="" i="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8="" ,="" or="1.46," eaf="0.11)," opnået="" i="" hele="" genomet="" signifikant="" sammenhæng="" med="" eskd="" af="" alle="" årsager="" (fig.="" 3b).="" syv="" yderligere="" loci="" viste="" nominel="" tilknytning="" til="" eskd="" af="" alle="" årsager="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" inklusive="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" og="" su1lf522/linc="" (tabel="" 6).="" de="" øverste="" associationer="" fra="" basislinjemodellen="" havde="" moderat="" dæmpningsinsignifikans="" på="" trods="" af="" de="" lignende="" effektstørrelser,="" delvis="" på="" grund="" af="" den="" reducerede="" prøvestørrelse="" (yderligere="" fil="" 1:="" tabel="" s5).="" derudover="" blev="" en="" tredje="" gwas="" udført="" med="" apol1="" inkluderet="" som="" en="" kovariat="" i="" modellen="" (apo="" l1-justeret="" model)="" og="" sammenligne="" −log="" (p)="" værdier="" med="" baseline="" og="" apol1-negative="" modeller.="" en="" høj="" korrelation="" (person="" korrelationskoefficient="" r="0.95)" blev="" observeret="" mellem="" apol1-justerede="" og="" apol1--="" negative="" modeller.="" resultaterne="" af="" alle="" tre="" sammenligninger="" er="" inkluderet="" i="" den="" supplerende="" dokumentation="" (yderligere="" fil="" 1:="" figur="">
Diskussion
Vi rapporterer resultaterne af en GWAS med høj densitet, der undersøger genetisk modtagelighed for T2D-ESKD i 15.075 AA'er. Topvarianter associeret med T2D-ESKD blev efterfølgende vurderet for sammenhæng med ikke-diabetisk ESKD, og en meta-analyse blev udført for at teste for deres generaliserbarhed til almindelige former for ESKD. Otte uafhængige associationer i syv genetiske loci udviste en signifikant association i hele genomet med T2D-ESKD i baseline- eller APOL1-negative modeller, inklusive RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 og MGAT4C. Ud over APOL1 var to genomomfattende signifikante loci forbundet med ESKD, EFNB2 og GNG7 af alle årsager. Yderligere viste 10 genetiske loci nominel association med ESKD af alle årsager (P < 5="" ×="" 10−6="" ),="" inklusive="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" og="" sulf2/lin="">
Den mest signifikante sammenhæng mellem T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) og ESKD af alle årsager (ELLER=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) i basislinjemodellen var en intronisk variant rs9622363 i APOL1-regionen forbundet med ikke-diabetikerenyre sygdomhos personer med afrikanske aner. Konditionering på APOL1 G1 og G2 allelerne mindsker dramatisk dens betydning [6]. rs9622363 er rapporteret at ændre transkriptionsfaktor (TF) bindingsmotiver (Yderligere fil 1: Tabel S6). I en nylig undersøgelse dannede rs9622363 og APOL1 G1 alleler en haplotype, der opnåede den stærkeste sammenhæng med CKD hos nigerianere [19]. I modsætning til G1 eller G2 er den store allel i rs9622363 (G, EAF=0.57) forbundet med risikoen for CKD. Efter at have udelukket APOL1 nyrerisiko-genotype-bærere, blev association med rs9622363 svækket. Dette bekræftede, at rs9622363 og APOL1 G1 og G2 alleler bidrager til det samme signal. Identifikation af rs9622363 i basismodellen kan tyde på fejlklassificering af nogle tilfælde som T2D-ESKD.
En intergen variant (rs72858591) placeret mellem et GTPase-proteingen RND3 og RBM43, der koder for RNA-bindende motivprotein 43, afslørede en genomomspændende signifikant association med T2D-ESKD. Det er forbundet med TF-bindingsmotivændringer og overlapper med både promotor- og enhancerregioner (Yderligere fil 1: Tabel S6). En uafhængig intergen variant (rs7560163, r2=0.01, YRI) i denne region var tidligere forbundet med T2D i AA'er [20]. I modsætning hertil var rs72858591 ikke forbundet med T2D (P=0.073) i denne undersøgelse. Dette kan tyde på, at to forskellige sæt variationer i dette locus uafhængigt bidrager til T2D og T2D-ESKD, en mulig pleiotrop effekt. To uafhængige varianter (rs142563193 og rs142671759), som var genom-dækkende signifikant forbundet med T2D-ESKD, er placeret nær ENPP7. Disse varianter overlapper med enhancer- og promotorregioner, DNase-overfølsomme toppe og/eller TF-bindingsmotiver (Yderligere fil 1: Tabel S6). Proteinet kodet af ENPP7 er en intestinal alkalisk sphingomyelin-phosphodiesterase, der omdanner sphingomyelin til ceramid og phosphocholin. ENPP7 påvirker angiveligt kolesterolabsorption [21], og adskillige undersøgelser tyder på, at højdensitetslipoproteinkolesterolniveauer er risikofaktorer for CKD hos patienter med diabetes [22-24].
To varianter placeret i GNG7 var associeret med enten T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8, basismodel) eller ESKD af alle årsager (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-negativ model). Rs4807299 er forbundet med TF-bindingsmotivændringer og overlapper med både promotor- og enhancerregioner (Yderligere fil 1: Tabel S6). GNG7 koder for G Protein Subunit Gamma 7, involveret i centralnervesystemets funktion [25] og kræftrisiko [26, 27].
Da afroamerikanere med diabetes og proteinuri ofte ikke får en diagnostisk nyrebiopsi, formodes deres ESKD typisk at være forårsaget af DKD. Men APOL1-associerede ikke-diabetikerenyresygdomkan være den sande årsag til nyresygdom hos mange sådanne patienter. Analyser, der ekskluderer APOL1 nyrerisiko-genotype-bærere, skabte en mere homogen case-gruppe og gav mulighed for at afdække den genetiske arkitektur af T2D-ESKD, der er uafhængig af APOL1-effekten. I den APOL1-negative model, ud over at replikere ENPP7 identificeret i basislinjemodellen, to nye loci
opnåede genom-dækkende signifikant association med T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) og MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8). Funktionel annotation antydede, at begge varianter er samlokaliseret med TF-bindingsmotiver. Rs75029938 kan falde ind i enhancer- og promotorregioner, og rs17577888 var forbundet med transskriptionsoverflod af FLVCR1-genet i perifere blodmonocytter (P=6.41 × 10-6; Yderligere fil 1: Tabel S6). Genetisk variation i GRAMD3 er blevet forbundet med fedme i en multi-etnisk genom-dækkende meta-analyse [28]. Tidligere undersøgelser tyder på, at fedme er en væsentlig risikofaktor for DKD [29]. MGAT4C koder for Mannosyl (Alpha-1,3-)-Glycoprotein Beta-1,4-N-Acetylglucosaminyltransferase, isozym C, som deltager i overførslen af N-acetylglucosamin (GlcNAc) til kernemannoseresterne af N-bundne glycaner. Den potentielle involvering af MGAT4C i DKD kræver yderligere undersøgelse.
Denne analyse inkluderede en kohorte af AA'er med ikke-diabetisk ESKD for at evaluere generaliserbarheden af T2D-ESKD-associerede loci i almindelige former for CKD. Metaanalysen, der kombinerede tilfælde med T2D-ESKD og ikke-diabetisk ESKD, identificerede to nye genomomfattende signifikante loci forbundet med ESKD af alle årsager ud over APOL1; rs77113398 nær EFNB2 (P=9.84 × 10−9; basismodel) og rs373971520 i GNG7 (2.17 × 10−8; APOL1-negativ model). Rs77113398 overlapper med enhancer, promotorregioner og DNase-toppe (Yderligere fil 1: Tabel S6). Tidligere genomscanninger i AA'er identificerede signifikant evidens for kobling til ESKD på kromosom 13q33 inklusive EFNB2-regionen i både diabetisk ESKD og ikke-diabetisk ESKD [30, 31]. En opfølgende undersøgelse undersøgte 28 tagging-varianter, der spænder over 39 kilobaser (kb) af EFNB2-kodende region, viste nominelle associationer mellem to varianter og ESKD af alle årsager [32]. Disse rapporterede varianter var dog ikke korreleret med rs77113398. Ephrin-B2 (EFNB2) udtrykkes i det udviklende nefron; interaktioner mellem ephrin-B2 og dets receptorer spiller en vigtig rolle i glomerulær mikrovaskulær samling [33]. Derudover beskytter ephrin-B2 omvendt signalering mod peritubulær kapillær sjældenhed ved at regulere angiogenese og vaskulær stabilitet undernyreskade[34]. Ephrin-B1 co-lokaliserer også med CD2-associeret protein (CD2AP) og nephrin ved podocytspaltemembranen og spiller en vigtig rolle i opretholdelse af barrierefunktion ved spaltediafragma [35]. Ephrin B4 receptor kinase transgene mus udvikler glomerulopati, manifesteret af fusionerede afferente og efferente arterioler, der omgår glomeruli [36]. Således understøtter flere bevislinjer den potentielle EFNB2-associering med CKD, og det er den mest lovende kausale gen-underliggende association af rs77113398.
Denne undersøgelse har styrker og begrænsninger. Selvom flertrinsstudiedesignet var veldrevet inklusive 15.075 AA'er, manglede det replikering af T2D-ESKD-associationer, især for sjældne varianter. Ydermere viste adskillige genomomfattende signifikante signaler signifikant forskellige effektstørrelser på tværs af stadier, hvilket sandsynligvis kunne tilskrives prøvestørrelsesforskelle på tværs af stadier, og en konsekvens af "vinderens forbandelse", et fænomen, der beskriver, at den sande genetiske effektstørrelse er overvurderet pga. det første positive fund. Fremtidig replikation er nødvendig for at bekræfte disse fund. Der er få andre eksisterende samlinger med passende prøver i AA'er; denne begrænsede replikeringsindsats. Desuden er det vanskeligt at udelukke alle personer, der er fejlklassificeret med DKD på grund af den hyppige mangel på nyrebiopsier. Derfor udelukkede vi omhyggeligt prøver med ESKD tilskrevet ikke-diabetiske ætiologier baseret på kliniske fænotyper og udelukkede efterfølgende APOL1 nyrerisiko-genotypebærere med høj risiko for ikke-diabetisk ESKD. Dette bør minimere fejlklassificering.
Konklusion
Som konklusion blev der udført en GWAS i AA'er med T2D-ESKD, og syv genetiske loci viste genomomspændende signifikante beviser for association, herunder RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 og MGAT4C. Ud over APOL1 var EFNB2 og GNG7 også forbundet med ikke-diabetisk ESKD og afslørede en genomomspændende signifikant sammenhæng med ESKD af alle årsager. Fremtidige undersøgelser, herunder genetisk replikation og eksperimentel validering af disse nyligt identificerede foreninger, er påkrævet for at vurdere deres potentielle indvirkning på de biologiske processer, der fører til fremskreden DKD i populationer med nyere afrikanske aner.
Metoder
Studiedeltagere
Undersøgelsesdeltagere blev rekrutteret af Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2) }}), Atherosclerosis Risk in Communities Study (ARIC; N=2221), Coronary Artery Risk Development in Young Adults (CARDIA; N=912) og Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis (MESA; N { {6}}). Analyser blev godkendt af lokale institutionelle revisionsnævn, og alle deltagere gav skriftligt informeret samtykke. Tilfælde blev anset for at have T2D-ESKD, inklusive svær DKD, når diabetes blev diagnosticeret mere end eller lig med 5 år før starten af ESKD eller med diabetisk retinopati for at sikre tilstrækkelig T2D-varighed, med nyreudskiftningsterapi, estimeret glomerulær filtrationshastighed ( eGFR) Mindre end eller lig med 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), eller urinalbumin til kreatinin-forhold (UACR) Større end eller lig med 300 mg/g (makroalbuminuri). Deltagere med CKD4 eller makroalbuminuri (N=138) blev inkluderet som tilfælde på grund af deres høje risiko for at udvikle ESKD. T2D blev diagnosticeret i henhold til American Diabetes Association-kriterier med en fastende blodsukker større end eller lig med 126 mg/dl, 2-h oral glucosetolerancetest glucose større end eller lig med 200 mg/dl, tilfældig glucose større end eller lig med 200 mg/dl, brug af diabetesmedicin eller lægediagnosticeret diabetes. Tilfælde med ikke-diabetisk ESKD manglede diabetes (eller havde T2D i < 5="" år)="" ved="" påbegyndelse="" af="" nyreudskiftningsterapi,="" og="" eskd="" blev="" tilskrevet="" kronisk="" glomerulær="" sygdom="" (f.eks.="" fokal="" segmentel="" glomerulosklerose),="" hiv-associeret="" nefropati,="" hypertension="" eller="" ukendt="" årsag.="" patienter="" med="" eskd="" tilskrevet="" kirurgiske="" eller="" urologiske="" årsager,="">nyre sygdom, autoimmun sygdom, hepatitis, IgA nefropati, membranøs glomerulonephritis, membranproliferativ glomerulonephritis eller monogennyresygdommeblev udelukket. Ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller inkluderede deltagere uden diabetes ellernyre sygdom(eGFR større end eller lig med 60 ml/min/1,73 m2 og UACR < 30="" mg/g).="" forsøgspersoner="" med="" t2d-manglende="" nefropati="" havde="" egfr="" større="" end="" eller="" lig="" med="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" og="" uacr="">< 30="">
Prøveforberedelse, genotypebestemmelse, imputation og kvalitetskontrol
Undersøgelsesdeltagerne blev genotypebestemt i hele genomet ved hjælp af tre forskellige platforme: (1) 8704 prøver rekrutteret fra WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA og FIND blev genotypet på Affymetrix Genome-wide Human single nucleotid polymorphism (SNP) array 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 prøver rekrutteret fra WFSM blev genotypet på Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); og (3) 3238 prøver rekrutteret fra WFSM blev genotypet på Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kvalitetskontrol og imputation blev udført separat af hver genotypeplatform som beskrevet nedenfor.
Varianter, der bestod kvalitetskontrol (QC) blev tilskrevet et kombineret haplotype-referencepanel, herunder 1000 Genomes fase 3 kosmopolitiske referencepanel (oktober 2014-versionen) [37] og en version af African Genome Variation Project (AGVP) referencepanel, herunder 640 Afrikanske herkomst haplotyper venligt leveret af det afrikanske partnerskab forForskning i kroniske sygdommeog Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Pre-phasing blev udført ved hjælp af SHAPEIT2 [39], og imputation blev udført ved hjælp af IMPUTE2 [40]. Post-imputation QC blev udført for at udelukke varianter med allelmismatch eller med stor frekvensafvigelse (Større end eller lig med 0.2) med referencepanelet (0.2 × frekvens i EUR plus {{ 13}},8 × frekvens i AFR) og imputationsinformationsscore < 0,4.="" en="" undergruppe="" af="" prøver="" blev="" direkte="" genotypebestemt="" for="" apol1="" g1-="" og="" g2-varianter="" under="" anvendelse="" af="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" overensstemmelsen="" var="" 95="" procent="" med="" imputerede="">
Affy6.0 datasæt
Som beskrevet tidligere [41], blev 1513 T2D-ESKD-tilfælde, 5299 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller og 1892 T2D-non-nefropatikontroller fra WFSM-, FIND-, JHS-, ARIC-, CARDIA- og MESA-kohorter genotypebestemt ved hjælp af Affy6.{{ 11}} (tabel 1). I hver undersøgelse blev der anvendt standard QC-mål for at udelukke varianter med opkaldshastighed < 95="" procent,="" mindre="" allelefrekvens="" (maf)="">< 0.01="" eller="" viser="" afvigelse="" fra="" hardy-weinberg="" equilibrium="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" prøve-qc="" blev="" udført="" for="" at="" udelukke="" forsøgspersoner="" med="" opkaldsrater="">< 95="" procent,="" dna-kontaminering,="" dubletter="" eller="" populationsudlignere.="" i="" betragtning="" af="" at="" cardia,="" jhs="" og="" mesa="" manglede="" tilfælde="" med="" t2d-eskd,="" blev="" prøver="" fra="" disse="" undersøgelser="" kombineret="" til="" imputations-="" og="" associationsanalyser="" sammen="" med="" wfsm,="" find="" og="">
Axiom datasæt
Ved WFSM blev 1700 AA-tilfælde med T2D-ESKD, 770 AA-kontroller uden diabetes eller nefropati og 663 AA-kontroller med T2D, som manglede nefropati, genotypebestemt på en tilpasset Axiom-genotype-array (tabel 2). Detaljeret variantinformation, tilpasset indholdsdesign, herunder fin kortlægning af kandidatregioner, genotypemetoder og QC blev tidligere rapporteret [42]. Kort fortalt inkluderede dette array ca. 264K kodende varianter og indsættelser/deletioner (indels), 70K tab-of-funktion varianter, 2K farmakogenomiske varianter, 23K eQTL markører, 246K multi-etnisk populationsbaserede genom-wide tag markører og 115K brugerdefinerede indholdsmarkører. Varianter med opkaldstakster < 95="" procent,="" afgang="" fra="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" og="" monomorfe="" varianter="" blev="" udelukket.="" i="" alt="" 724.530="" varianter="" blev="" med="" succes="" kaldt="" til="" downstream="" qc,="" imputation="" og="" analyser.="" prøve-qc="" blev="" udført="" for="" at="" udelukke="" personer="" med="" lave="" opkaldstakster="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA datasæt
Ved WFSM blev 191 0 ikke-diabetiske ESKD-tilfælde, 219 T2D ESKD-tilfælde, 201 kontroller med T2D, der mangler nefropati, og 908 ikke-diabetiske ikke-nefropati-kontroller genotypet på MEGA-arrayet (tabel 2). Dette array blev designet til at forbedre finkortlægning og funktionel opdagelse ved at øge variantdækningen på tværs af flere etniciteter. Arrayet inkluderer (1) rygradsindhold, der indeholder meget informative varianter for GWAS og exome-analyser i forfædres forskellige populationer og (2) brugerdefineret indhold, der bruges til at replikere eller generalisere indeks GWAS-associationer, forstærke GWAS-tagging-varianter i prioriterede regioner, forbedre exome-indhold i prioriterede regioner , finkort GWAS loci, identificere funktionelle regulatoriske varianter, udforske medicinsk vigtige varianter og identificere nye variant loci i kandidatveje [43]. Genotyping blev udført på WFSM. DNA fra sager og kontroller blev ligeligt indflettet på 96-brøndplader for at minimere artefaktiske fejl under prøvebehandlingen. I alt 48 prøver sekventeret som en del af 1000 Genomes Project [44] ved Coriell Institute for Medical Research blev inkluderet i genotypebestemmelse og havde en konkordansrate på 98,57 procent. Genotypekald blev udført ved hjælp af Genome Studio (Illumina, CA, USA). Varianter med manglende position, manglende allel, allelmismatch, opkaldsrater < 95="" procent,="" afgang="" fra="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvensforskel=""> 0,2 sammenlignet med 1000 Genome Project fase 3 referencepanel og monomorfe varianter blev fjernet. Flere sondesæt blev sammenlignet, og kun det med den højeste opkaldshastighed blev beholdt. I alt 1.705.970 varianter blev med succes kaldt til downstream QC, imputation og analyser. Prøve QC blev udført for at udelukke personer med lav opkaldshastighed (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistisk analyse
Opdagelsesstadie
Vi brugte et flertrinsstudiedesign til at identificere varianter forbundet med T2D-ESKD og deres potentielle rolle i ESKD af alle årsager. I opdagelsesstadiet blev 3432 T2D-ESKD-tilfælde og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller inkluderet fra alle tre datasæt (fig. 1). Associationsanalyse blev udført for hvert datasæt ved hjælp af en logistisk blandet model-metode implementeret i programmet GMMAT [45] under en additiv genetisk model. Denne metode kontrollerer for befolkningsstruktur og kryptisk slægtskab ved at inkludere en genetisk relationsmatrix (GRM) estimeret fra et sæt autosomale varianter af høj kvalitet som en tilfældig effekt. Den primære komponentanalyse blev udført ved hjælp af EIGENSOFT [46] for hver genotypeplatform. Den første egenvektor (PC1) sammen med alder og køn blev brugt som kovariater. En metaanalyse blev udført i de tre datasæt ved hjælp af en fast-effekt invers variansvægtningsmetode implementeret i METAL [47]. Suggestive associationer for T2D-ESKD med P < 1="" ×="" 10-5="" ,="" mindre="" allelantal="" (mac)=""> 400 og heterogenitet I2 < 80="" blev="" udvalgt="" til="">
Diskriminationsstadiet
For at bestemme, om formodede T2D-ESKD-associerede loci i opdagelsesstadiet blev drevet af associationer med T2D i sig selv, en meta-analyse, der kombinerede 2756 AA'er med T2D-manglende nefropati og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropati kontroller fra de tre datasæt (Affy6 .0, Axiom og MEGA) blev udført (trin 3, fig. 1). Varianter, der viste nominel association (P < 0.05)="" med="" t2d,="" blev="" udelukket="" for="" at="" fjerne="" t2d-associerede="">
Udvidelsesanalyse af ikke-diabetisk ESKD og metaanalyse af ESKD af alle årsager
Genetiske varianter, der viser suggestiv association med T2D-ESKD (P < 1 × 10−5), men ikke associeret med T2D, blev undersøgt i en ikke-diabetisk ESKD-kohorte, herunder 1910 ikke-diabetiske ESKD-tilfælde og 908 ikke-diabetiske ikke-nefropati-kontroller fra WFSM-MEGA datasæt til sammenhæng med ikke-diabetiske ætiologier afnyre sygdom(trin 4). Varianter, der viser nominel association (P < 0.05)="" blev="" testet="" i="" en="" metaanalyse="" af="" eskd="" af="" alle="" årsager="" ved="" brug="" af="" alle="" t2d-eskd,="" ikke-diabetiske="" eskd="" og="" kontroller="" fra="" de="" tre="" datasæt="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (fig.="" 1).="" denne="" meta-analyse="" evaluerede,="" om="" t2d-eskd-foreninger="" bidrog="" til="" risikoen="" for="" eskd="" af="" alle="" årsager.="" vi="" har="" også="" slået="" vores="" bedste="" nyresygdomsassocierede="" varianter="" op="" for="" formodet="" association="" med="" t2d="" i="" aa'er="" fra="" media-konsortiet="" (n="15.043" tilfælde="" og="" 22.318="" kontroller);="" snp'er="" med="" p="">< 0,05="" efter="" flere="" sammenligningskorrektioner="" blev="">
Udelukkelse af APOL1 risiko genotype bærere
APOL1 G1 og G2 allelerne bidrager til risikoen forikke-diabetisk nyresygdom[6, 48]. For at minimere fejlklassificering af T2D-ESKD blev der udført en anden analyse, der ekskluderede APOL1 to-renal-risiko-variant bærere og dem med manglende APOL1 genotyper fra T2D ESKD tilfælde og ikke-diabetiske non-nephropati kontroller (APOL1-negativ model) ). Denne analyse reducerede populationens heterogenitet på trods af at den reducerede stikprøvestørrelse og havde lavere statistisk styrke. Specifikt 308 T2D-ESKD-sager og 630 kontroller fra Affy6.0-datasættene, 323 T2D-ESKD-sager og 113 kontroller fra Axiom-datasættet og 33 T2D-ESKD-sager og 175 kontroller fra MEGA-datasættet blev fjernet. Derudover fjernede vi 891 af de 1910 alle-årsager ESKD-sager. Denne analyse kan afsløre virkningerne af andre ikke-diabetiske ESKD-loci ud over APOL1. Individer blev betragtet som bærere af APOL1-nyrerisikovariant, hvis de bar to G1-alleler (rs60910145 G-allel, rs73885319 G-allel), to G2-alleler (rs143830837, 6 basepar-in-frame-deletion) eller var sammensatte G1- og én G2 allel) [6].
Funktionel karakterisering
Proxyer for genom-dækkende signifikante T2D-ESKD-associerede varianter (r2 større end eller lig med 0.7 i 1000 Genomes AFR-population) fra baseline og APOL1-negative modeller blev udvalgt ved hjælp af LDlink [49 ]. Hovedvarianterne og proxyerne blev derefter forespurgt for funktionelle annoteringer fra HaploReg [50], som inkluderede kromatintilstand og proteinbindingsannotering fra Roadmap Epigenomics [51] og ENCODE projekterne [52], sekvenskonservering på tværs af pattedyr, effekten af varianter på regulatoriske motiver og genekspression fra QTL undersøgelser.
Cistanche deserticola forebygger nyresygdom, klik her for at få prøven
Referencer
1. United States Renal Data System. 2016 USRDS årlige datarapport: Epidemiologi af nyresygdom i USA. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes og Fordøjelses- og nyresygdomme, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Temporale tendenser i forekomsten af diabetisk nyresygdom i USA. JAMA. 2011;305:2532-9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Familiær risiko, alder ved debut og årsag til nyresygdom i slutstadiet hos hvide amerikanere. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806-10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Familiær disposition for nefropati hos afroamerikanere med ikke-insulinafhængig diabetes mellitus. Am J Nyre Dis. 1995;25:710-3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Missense mutationer i APOL1. Hum Genet. 2010;128:345-50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Sammenslutning af trypanolytiske ApoL1-varianter med nyresygdom hos afroamerikanere. Videnskab. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. APOL1 genetiske varianter i fokal segmentel glomerulosklerose og HIV-associeret nefropati. JASON. 2011; 22:2129-37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Flere nye loci forbundet med nyrefunktion og kronisk nyresygdom: CKDGen-konsortiet. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Genom-dækkende association og funktionel opfølgning afslører nye loci for nyrefunktion. PLoS Genet; 8. Epub forud for tryk marts 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetiske associationer ved 53 loci fremhæver celletyper og biologiske veje, der er relevante for nyrefunktionen. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Brug af flere mål til kvantitative egenskabsassocieringsanalyser: anvendelse på estimeret glomerulær filtrationshastighed (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Genom-dækkende søgning efter modtagelighedsgen for diabetisk nefropati ved gen-baseret SNP. Diabetes Res Clin Practice. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Genom-dækkende associationsscanning for diabetisk nefropati-følsomhedsgener i type 1-diabetes. Diabetes. 2009;58:1403-10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. En genomomfattende associationsundersøgelse for diabetiske nefropatigener hos afroamerikanere. Nyre Int. 2011;79:563-72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Nye modtagelighedsloci forbundet med nyresygdom i type 1-diabetes. PLoS Genet. 8. Epub forud for tryk september 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Det genetiske landskab af nyrekomplikationer ved type 1-diabetes. JASN. 2017;28:557-74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Genom-dækkende forening og trans-etnisk meta-analyse for avanceret diabetisk nyresygdom: Familieundersøgelse af nefropati og diabetes (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Trans-etnisk fin kortlægning fremhæver nyrefunktionsgener knyttet til saltfølsomhed. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Genetisk variation i APOL1- og MYH9-gener er forbundet med kronisk nyresygdom blandt nigerianere. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. En genom-dækkende foreningssøgning efter type 2-diabetesgener hos afroamerikanere. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Alkalisk sphingomyelinase (NPP7) fremmer kolesterolabsorption ved at påvirke sphingomyelinniveauer i tarmen: en undersøgelse med NPP7 knockout-mus. Am J Physiol Gastrointest Lever Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. High-density lipoprotein kolesterol og risikoen for nefropati hos type 2 diabetespatienter. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751-7.
23. Williams AN, Conway BN. Effekt af high-density lipoprotein kolesterol på forholdet mellem serumjern og hæmoglobin med nyrefunktion ved diabetes. J Diabetes Complicat Epub forud for tryk 29. marts 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Variabilitet i HbA1c, blodtryk, lipidparametre og serumurinsyre og risiko for udvikling af kronisk nyresygdom ved type 2 diabetes. Diabetes Obes Metab Epub forud for tryk 21. april 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Tab af G-protein gamma 7 ændrer adfærd og reducerer striatal alfa(olf)-niveau og cAMP-produktion. J Biol Chem. 2003;278:6575-9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinisk betydning af den reducerede ekspression af G-protein gamma 7 (GNG7) i esophageal cancer. Br J Kræft. 2008;98:410-7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identifikation af guaninnukleotidbindende protein -7 som et epigenetisk dæmpet gen i hoved- og halskræft ved genekspressionsprofilering. Int J Oncol. 2013;42:1427-36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. Multietnisk genomomfattende metaanalyse af ektopiske fedtdepoter identificerer loci forbundet med adipocytudvikling og -differentiering. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prædiktorer for estimeret GFR-fald hos patienter med type 2-diabetes og bevaret nyrefunktion. CJASN. 2012;7:401-8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. En genomscanning for diabetisk nefropati hos afroamerikanere. Nyre Int. 2004;66:1517-26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. En genomscanning for nyresygdom i slutstadiet af alle årsager hos afroamerikanere. Nephrol skivetransplantation. 2005;20:712-8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Associationsanalyse af ephrin-B2-genet hos afroamerikanere med nyresygdom i slutstadiet. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Temporalt kompartmentaliseret ekspression af ephrin-B2 under renal glomerulær udvikling. JASN. 2001; 12:2673-82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. EphrinB2 omvendt signalering beskytter mod kapillær sjældenhed og fibrose efter nyreskade. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 lokaliseres ved spaltemembranen i den glomerulære podocyt. Nyre Int. 2007;72:954-64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. EphB4 receptor tyrosinkinase transgene mus udvikler glomerulopatier, der minder om glomerulære vaskulære shunts. Mech Dev. 2003;120:511-6.
37. 1000 Genomes Project Consortium. En global reference for menneskelig genetisk variation. Natur. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Det afrikanske genomvariationsprojekt former medicinsk genetik i Afrika. Natur. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. En lineær kompleksitetsfasemetode for tusindvis af genomer. Nat Metoder. 2011;9:179-81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. En ny flerpunktsmetode til genom-dækkende associationsundersøgelser ved imputation af genotyper. Nat Genet. 2007;39:906-13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Overførbarhed og fin kortlægning af type 2 diabetes loci hos afroamerikanere: Candidate Gene Association Resource Plus Study. Diabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Sammenslutning af nyrestruktur-relaterede genvarianter med type 2-diabetes-tilskrevet slutstadie nyresygdom hos afroamerikanere. Hum Genet. 2016;135:1251-62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategier til berigelse af variantdækning i kandidatsygdomsloci på en multietnisk genotype-array. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. 1000 Genomes Project Consortium. Et kort over humant genoms variation fra populationsskala sekventering. Natur. 2010;467:1061-73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. kontrol for befolkningsstruktur og slægtskab for binære træk i genetiske associationsstudier via logistiske blandede modeller. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Befolkningsstruktur og egenanalyse. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: en hurtig og effektiv meta-analyse af genomomfattende associationsscanninger. Bioinformatik. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Differentielle virkninger af MYH9 og APOL1 risikovarianter på FRMD3 association med diabetisk ESRD hos afroamerikanere. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: en webbaseret applikation til at udforske populationsspecifik haplotypestruktur og sammenkæde korrelerede alleler af mulige funktionelle varianter. Bioinformatik. 2015;31:3555-7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: en ressource til at udforske kromatintilstande, bevarelse og reguleringsmotivændringer inden for sæt af genetisk forbundne varianter. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Køreplan Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. integrativ analyse af 111 reference humane epigenomer. Natur. 2015;518:317–30.
52. ENCODE-projektkonsortiet. En integreret encyklopædi af DNA-elementer i det menneskelige genom. Natur. 2012;489:57–74.
