Respons på intranasal Lactococcus Lactis W136 probiotisk tilskud i refraktær CRS er forbundet med modulering af ikke-type 2-inflammation og epitelregenerering

Begrundelse:

Vi har tidligere dokumenteret, at hos personer med kronisk rhinosinusitis (CRS), der er modstandsdygtig over for kirurgi, forbedrer intranasal påføring af levende Lactococcus lactis W136, en probiotisk bakterie, sinus-specifikke symptomer, SNOT-22 og slimhindeaspekt ved endoskopi, ledsaget af en reduktion af sinus patogener og en stigning i beskyttende bakterier. Dette arbejde udforsker de molekylære mekanismer, der understøtter disse observationer ved hjælp af transkriptomik af sinus slimhinden.

Lactococcus lactis er et probiotikum, der kan opretholde menneskers sundhed ved at regulere tarmmikrofloraen og forbedre immuniteten. Følgende er forholdet mellem Lactococcus lactis og immunitet:

1. Hjælp med at forbedre immuniteten: Lactococcus lactis kan fremme integriteten og immunresponsen af ​​tarmslimhindebarrieren og fremme spredning og aktivering af tarmslimhindeimmunceller og derved øge menneskelig immunitet.

2. Reducer allergiske reaktioner: Når immunsystemet er ude af balance, vil det føre til allergiske reaktioner. Imidlertid kan Lactococcus lactis reducere forekomsten af ​​allergiske reaktioner ved at regulere aktiveringstilstanden af ​​immunceller i kroppen.

3. Resistens over for patogener: Lactococcus lactis kan hæmme væksten og reproduktionen af ​​skadelige bakterier og vira gennem konkurrerende udelukkelse og produktion af antibakterielle stoffer og derved øge menneskets immunitet.

Som konklusion spiller tilstedeværelsen af ​​Lactococcus lactis en vigtig rolle i menneskelig immunitet. Folk kan fremme immunitetsforøgelse ved at indtage L. lactis-rige fødevarer eller supplere med L. lactis probiotika. Derfor er vi nødt til at forbedre immuniteten og forstå vigtigheden af ​​immunitet. Cistanche kan øge immuniteten. Cistanche indeholder en række biologisk aktive ingredienser, såsom polysaccharider, svampe og Huangli. Disse ingredienser kan stimulere forskellige celler i immunsystemet og øge deres immunaktivitet.

Klik på sundhedsmæssige fordele ved cistanche

Metode:

Epitelbørstning indsamlet prospektivt som en delundersøgelse af. lactisW136 kliniske forsøg blev brugt til at undersøge epitelresponser på mikrobiomtilskud ved hjælp af en hypotesefri bioinformatisk analyse af genekspressionsanalyse. Prøver fra 24 patienter med CRS er refraktær over for medicinsk og kirurgisk behandling blev prospektivt indsamlet under et klinisk forsøg, der vurderede effekten af ​​14 dages to gange næseskylning med 1,2 milliarder CFU af levende L. lactis W136 probiotiske bakterier (CRSwNP {{8} }, CRSsNP=7). Endoskopisk guidede sinusbørster blev indsamlet som en del af den indledende undersøgelse, med børstning udført umiddelbart før og efter behandlingen. Efter RNA-ekstraktion blev prøver vurderet ved hjælp af Illumina HumanHT-12 V4 BeadChip. Differentiel genekspression blev beregnet, og pathway-berigelsesanalyse blev udført for at identificere potentielt implicerede processer.

Resultater:

Differentielt identificerede transkripter og veje blev vurderet for den samlede population og de kliniske fænotyper af CRSwNP og CRSsNP. Mønstre for respons på behandling var ens på tværs af alle grupper, hvilket implicerede veje til regulering af immunitet og epitelcelleregulering. Disse ligner de forbedringsmønstre, der observeres efter vellykket behandling med endoskopisk sinuskirurgi eller azithromycin.

Konklusion:

Genekspressionsprofilering efter påføring af levende bakterier på det syge sinus-epitel fremhæver implikationen af ​​flere komponenter af inflammation-mikrobiom-epitelbarriereaksen impliceret i CRS. Disse effekter ser ud til at involvere både epitelgendannelse og modulering af medfødt og adaptiv immunitet, hvilket understøtter den potentielle interesse i at målrette sinus-epitel og mikrobiomet som potentielle CRS-terapier.

Introduktion

Sinus hulrum homeostase er sikret ved kontinuerlig interaktion af epitelbarrieren med resident mikrobiota, som tjener til at betinge ikke kun immunresponser, men også epithelial differentiering og regenerering. Kronisk rhinosinusitis (CRS) er en betændelsestilstand i de øvre luftveje af usikker oprindelse, som er karakteriseret ved forstyrrelse af normal homeostase med deraf følgende vævsinflammation, mikrobiom dysbiose og epitel dysfunktion (1) Karakteristiske ændringer omfatter infiltration med en variabel blanding af type 2 og Type 1/Type 17 inflammatoriske celler, og nedsat epitelfunktion og regenerering, ledsaget af samtidig mikrobiom dysbiose (2). Flere patogener er blevet impliceret, men Staphylococcus Aureus repræsenterer et hyppigt og problematisk patogen, især i CRSwNP og i den ældre befolkning (3). Mens indledende begivenheder, der fører til udvikling af sygdom, mangler at blive identificeret, menes persistensen af ​​disse vævsændringer at afspejle dysfunktion af de tre defensive søjler, der opfører sig som en epitel-inflammation-mikrobiom-akse, der sikrer sundheden for sinushulen og dens epitelforing.

Det nye koncept, at vellykket sygdomsbehandling vil have en indvirkning på alle tre komponenter af aksen, enten direkte eller indirekte via nedstrømseffekter, antyder, at alle tre komponenter repræsenterer mål for CRS-behandling. Mens immundysfunktion længe har været det primære mål for terapi (5), er det mere og mere indlysende, at målretning mod andre komponenter af aksen, såsom epitelet, også med succes kan modulere sygdom (6) For eksempel vellykket behandling med ElexacaftorTezacaftor-Ivacaftor ( Trikafta), en ny medicin, der bruges til cystisk fibrose (CF), som genopretter mangelfuld CFTR-ekspression, er forbundet med næsten fuldstændig opløsning af CF-relateret bihulesygdom, som observeret ved forbedring af symptomer og genopretning af et næsten normalt epitel-aspekt, selv i fravær af samtidig antibiotikabehandling (7).

Givet succesen med modulering af epitelfunktion, kan modulering af mikrobiomet således repræsentere en anden strategi, og nasal mikrobiomtilskud med intranasalt administrerede probiotiske bakterier er tidligere blevet foreslået som et nyt middel til behandling af CRS (8, 9). Vi har tidligere vist, at intranasal administration af Lactococcus lactis W136-bakterier tolereres godt og forbedrer symptomer, endoskopisk aspekt af slimhinden og livskvalitet hos patienter med CRS (9). Mikrobiom-modulerende effekter blev også observeret med en øget overflod af Dolosigranulosum Pigrum, en formodet gavnlig patobiont, der for nylig blev identificeret hos både voksne og børn som en bakterieart, der er forbundet med sundhed i næse, bihuler, nasopharynx og adenoid. Undergruppeanalyse i henhold til klinisk fænotype viste en reduktion i mængden af ​​Staphylococcus aureus hos patienter med CRSwNP og en reduktion i multiple stammer af Pseudomonas Aeruginosa i CRSsNP (9).

Mens disse spændende observationer tyder på en effekt af mikrobiomtilskud på CRS, er mekanismerne, der understøtter disse ændringer, endnu at blive beskrevet. Vi ønskede således yderligere at karakterisere de molekylære mekanismer af disse ændringer på vævsniveau ved at udforske ændringer i genekspression induceret af den probiotiske L. lactis W136-behandling i sinus slimhinden.

Metoder

Deltagere og studiedesign

Epitelbørster indsamlet prospektivt som en delundersøgelse af det kliniske forsøg med L. lactis W136 blev brugt til at undersøge epitelresponser på mikrobiom ved hjælp af en hypotesefri bioinformatisk analyse af genekspressionsanalyse. L. lactis W136 til CRS-forsøget er blevet beskrevet detaljeret andetsteds (9). Godkendelse blev opnået fra Health Canada til intranasal administration af levende L. lactis W136-bakterier (Health Canada-registreringsnummer: 191920) og CHUM Institutional Review Board and Ethics Committee (registreringsnr. 12.288) før forsøgets udførelse (Clinicaltrials.gov identifikator: NCT04048174 ). 24 patienter med CRS er modstandsdygtige over for tidligere medicinsk og kirurgisk behandling, modtog en 14-dagskur med bihuleskylninger, der indeholdt 1,2 × 109 CFU af levende L. lactis W136. Ingen patienter havde modtaget orale kortikosteroider eller topisk eller systemisk antibiotikabehandling i de foregående 30 dage. Kun saltvandsskylning var tilladt til symptomlindring. Udelukket var patienter<18 years, CF, with technical reasons for endoscopic sinus surgery (ESS) failure, active sinus infection with purulence, pain, and/or hyperthermia, or with immune suppression from disease or medication.

Epitelbørstning blev opsamlet under endoskopisk kontrol ved hjælp af en gastrisk cytologibørste i niveau med den frontale fordybning før den første probiotikapåføring ved D0 og dagen efter den sidste behandling ved D14. Total RNA blev ekstraheret under anvendelse af RNeasy Mini Kit (QIAGEN, Toronto, On, Canada). Genekspression blev udført på Genome Quebec Innovation Center (Montreal, Qc, Canada) ved hjælp af Illumina HumanHT-12 V4 BeadChip (Illumina, San Diego, CA, USA).

Genekspressionsdataanalyse

Rå Illumina-sondedata blev eksporteret fra BeadStudio og screenet for kvalitet. Forbehandling og statistisk analyse blev udført ved hjælp af R statistisk sprog og softwarepakker fra Bioconductor som beskrevet af Huber et al. (10). Kvantilnormalisering blev anvendt, efterfulgt af en log2-transformation.

Differentiel genekspression

For hver probe blev en parret lineær model tilpasset ved hjælp af LIMMA-pakken fra Bioconductor med en donorblokerende faktor. LIMMA-pakken implementerer en modereret t-test, der bruges til at sammenligne genekspression før og efter intranasal administration af L. lactis ved henholdsvis D0 og D14. P-værdier fra den resulterende sammenligning blev justeret til multiple test i henhold til metoden af ​​Benjamini og Hochberg (11). Denne metode styrede den falske opdagelsesrate (FDR), som blev sat til 0.05.

Pathway berigelse analyse

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) blev udført under anvendelse af Bioconductors pakke FGSEA under anvendelse af gensæt fra Molecular Signature Database (MsigDB, http://www.broad.mit. edu/gsea/msigdb): Hallmark (h.all.v5. 0.symbols.gmt) (12).

GSEA-associerede pathways P-værdier blev justeret for multiple testkorrektioner med FDR cut-offs på 0.05. GSEA blev udført for at vurdere, om en kendt biologisk vej eller sæt af individuelle gener var signifikant beriget blandt generne rangeret af den modererede t-test efter den differentielle genekspressionsanalyse.

Resultater

Som tidligere beskrevet i den kliniske undersøgelse gennemførte alle 24 patienter, der fik L. lactis W136, undersøgelsen (figur 1) (9). Vi har inkluderet patienter med vedvarende symptomer og tegn på CRSsNP eller CRSwNP på trods af at de har gennemgået teknisk passende kirurgi og fortsat brug af maksimal medicinsk terapi, inklusive højvolumen budesonid-skylninger postoperativt ("refraktær" CRS). Populationens basislinjekarakteristika blev skitseret i Endam et al. (9). Samlet set forbedrede 14 dages behandling med L. lactis sinus-specifik symptomatologi, SNOT-22-score og slimhindeaspekt ved endoskopi med gavnlige mikrobiomændringer. Differentiel genekspression mellem før- og efterbehandlingsbetingelser blev kun vurderet for parrede prøver i (i) Alle CRS (N=20), (ii) CRSwNP-undergruppe (N=16) (iii) CRSsNP-undergruppe (N)=4) og (iv) Responders (N=10) (som defineret ved en reduktion i SNOT-22-score på 8,9 eller mere). De respondere inkluderede både CRSwNP (N=8) og CRSsNP (N=2) patienter. Den transkriptomiske vurdering viste forskelle forbundet med behandling. Individuelle gentranskriptioner med FDR mindre end eller lig med 5 procent og større end eller lig med 1.2-fold-ændring i ekspression blev kun noteret i "Alle CRS"-grupperne og i CRSwNP-undergruppen (tabel 1 og supplerende materiale). Sammenlignet med CRSwNP blev ekspressionen af ​​meget få gener signifikant modificeret efter behandling i CRSsNP, formentlig som en konsekvens af det lave antal individer i den undergruppe. Genekspression Heatmaps af det øverste differentielt udtrykte gen (Supplerende figurer S1-S4) afslører lignende differentielle genekspressionsmønstre for alle populationer, hvilket tyder på et fælles responsmønster.

En baneberigelsesanalyse blev udført for at identificere potentielle underliggende mekanismer for respons på behandling (figur 2 og supplerende figur S5). Signifikant associerede veje blev identificeret for alle grupper og afslørede, at behandling med Lactococcus Lactis W136 inducerede opregulering af cellulær cyklus, vækst og proliferationsveje. Mens berigede kendetegnsveje var ens mellem grupperne, var forskellene mere signifikante i ALLE CRS- og CRSwNP-grupper. En fælles mekanisme synes især at involvere opregulering af cellecyklus og transkription (E2F-mål, epitel-mesenkymal overgang, G2M-kontrolpunkt, MYC-mål, proteinsekretion, mitotisk spindel), regulering af reaktive oxygenarter (ROS) (hypoxi, ROS-vej, oxidativ phosphorylering). Modulationen af ​​immunitet blev også angivet ved opregulering af signalveje (PI3K-AKT-MTOR signalering, MTORC1 signalering, TGF beta signalering) ledsaget af nedregulering af adaptive (allotransplantat afstødning) og type 1-associerede immunresponser (interferon alfa) respons, interferon-gamma-respons). Differentiel ekspression i udvalgte signifikante veje viser et konsistent mønster af forbedret epitelfornyelse som reaktion på probiotisk behandling. Forstærkning af denne transkriptionelle signatur i populationen begrænset til SNOT-22-respondere indikerede, at disse var forbundet med observerede kliniske forbedringer. Pathways var ens mellem fænotyper af CRSsNP og CRSwNP, hvilket tyder på en fælles virkningsmekanisme i begge populationer (tabel 2). Identificerede veje er løst grupperet i cellecyklus og differentiering, regulering af reaktive oxygenarter (ROS), DNA-reparation og inflammationsrelaterede veje. På trods af små gruppestørrelser, der hæmmer analysen, viser resultaterne en konsistent responsmekanisme på tværs af grupper.

Diskussion

Vi undersøger mekanismer, der understøtter responsen på intranasal administration af levende L. lactis W136 hos patienter med refraktær CRS ved hjælp af transkriptomik. Dette supplerer vores tidligere rapporterede materiale om mikrobiomændringerne observeret med BID administration af 1,2 milliarder CFU af Lactococcus Lactis W136 direkte til næse- og sinushulerne (9). En tidligere undersøgelse af Martensson et al. (8) rapporterede intranasal administration af en blanding af lactobaciller afledt af honningbier, ingen ændring blev observeret i prøvede mediatorer eller det sinonasale mikrobiom. For nylig blev Lactobacillus administreret intranasalt godt tolereret af CRS-personer, der var ingen klinisk eller mekanistisk vurdering af resultater (9).

Dette arbejde bruger transkriptomiske metoder til at forstå den mekanistiske underbygning af virkningerne af topiske probiotika på næse- og sinusoverfladen. Vi beskriver, at L. lactis-administration er forbundet med differentiel genekspression, der involverer biologiske veje, ikke kun impliceret i reguleringen af ​​immunitet, men også epitelregulering, som antydet ved identifikation af veje, der bidrager til celleproliferation, overlevelsessignalering og reparation af DNA-skader. . Transkriptomiske ændringer forbundet med L. lactis W136 probiotisk terapi tyder således på en gavnlig effekt på cellecyklusprogression og genoprettelse af epitelfunktion.

Cellulær og strukturel integritet er afgørende for den passende funktion af epitelbarrieren. Vi har tidligere dokumenteret, at epitelrespons på sår er svækket i CRS (9). Forbedringer set i dette kliniske forsøg, der tyder på forbedret epitelregenerering og reparation, kan afspejle en forbedring af disse processer.

Vi rapporterer, at immunfunktionen konsekvent blev nedreguleret efter behandling, med fald observeret i interferon-respons, T-celle-infiltration og -aktivering og allograft-reaktion. Immunmodulation er et træk ved probiotika (13), så det er ikke overraskende at se det demonstreret her. Et signal til modulering af interferon alfa- og gamma-signalering kan afspejle en reduktion i ikke-Type 2-komponenterne af det inflammatoriske CRS-respons (14), hvor vedvarende høje niveauer af interferon udøver skadelige virkninger ved at forringe styrke og koordination af efterfølgende immunresponser og hæmme cellulær funktion (15). Disse ændringer kan bidrage til udviklingen af ​​epitel- til mesenkymale overgangskarakteristika af CRS (16). Desuden er høje niveauer af type 1-inflammatoriske mediatorer forbundet med en funktionel defekt i epitelreparation i respiratoriske epitelceller (17).

Dette er i overensstemmelse med vores resultater. L. lactis-administration var også forbundet med differentiel genekspression, der involverede biologiske veje impliceret i epitelregulering, som antydet af identifikation af veje, der bidrager til celleproliferation, overlevelsessignalering og reparation af DNA-skader. Transkriptomiske ændringer forbundet med L. lactis W136 probiotisk terapi tyder således på en gavnlig effekt på cellecyklusprogression og genoprettelse af epitelfunktion. Cellulær og strukturel integritet er afgørende for den passende funktion af epitelbarrieren (18).

Vi har tidligere dokumenteret, at epitelrespons på sår er svækket i CRS (19). Forbedringer set i dette kliniske forsøg tyder på, at forbedret epitelregenerering og reparation derfor kan afspejle en forbedring af disse processer.

Dybden og bredden af ​​virkningerne af L. lactis W136 probiotisk tilskud på cellulær og epitelfunktion var ikke forventet, men disse er i overensstemmelse med tidligere rapporter, der viser forbedret re-epitelialisering af keratinocytter efter sår med Lactobacillus rhamnosus GG lysat i en scratch assay model (20) og vores udviklende forståelse af CRS-sygdom. Epitelbarrieren spiller en vigtig rolle i sygdomsprocessen. Ud over sin rolle som en fysisk barriere for patogener og irritanter, er epitelceller ansvarlige for at igangsætte og koordinere defensive reaktioner (6). Da epitelregenerering og -reparation ændres hos patienter med CRS, tyder stigningen i genekspression i flere aspekter af den cellulære cyklus på en gavnlig effekt af intranasal administration af L. lactis-tilskud på genoprettelse af epitelcellefunktion og cellecyklusprogression. Disse ændringer blev observeret efter kun 14 dages behandling sammenlignet med behandlingslængden brugt i andre undersøgelser, som er fire måneder. Den gavnlige effekt forventes således at være større ved vedvarende L. lactis-tilskud.

Tilsammen viser disse resultater, at administrationen af ​​L. lactis W136 påvirker flere processer, der strækker sig ud over immunregulering, hvilket tyder på virkninger på epitelbarrieren, som potentielt kan modulere sammensætningen af ​​mikrobiomet.

Studiebegrænsninger

Denne undersøgelse er ikke et parallelt gruppekontrolleret forsøg, og der er ingen direkte sammenligning mulig med vandinger, der kun indeholder saltvand. Ikke desto mindre, i det kliniske forsøg, var brug af saltvandsskylning i løbet af indkøringsperioden forbundet med forværring af symptomer på CRS og forringelse af slimhindeaspektet efter tilbagetrækning af medicin. Stikprøvestørrelsen er også relativt lille, især i grupperne "CRSsNP" og "Respondere", som er mindre end den "overordnede population". Svarmønstret er ikke desto mindre ens på tværs af grupper, og resultater bør derfor ikke udelukkes.

Derudover er der ingen registrering af, hvorvidt saltvand alene påvirker genekspression. Mens saltvandsirrigationer har vist sig ikke at påvirke mikrobiomsammensætningen hos CRS-patienter (5), er dette ikke blevet vurderet i et sammenlignende forsøg med genekspression. Patienter havde dog allerede modtaget to ugers skylning med saltvand i løbet af 14-dagens indkøringsperiode uden nogen klinisk fordel, og det er derfor usandsynligt, at ændringer er sekundære til saltvand alene. Endelig blev ændringer vurderet efter kun 14 dages behandling, hvilket er en kort behandlingsperiode sammenlignet med andre undersøgelser i refraktær CRS (21). Observerede virkninger kan derfor være større ved længerevarende administration.

Konklusion

Den transkriptomiske vurdering tyder på forbedringer efter påføring af levende bakterier på det syge sinus-epitel i refraktær CRS, der ser ud til at involvere flere komponenter af inflammation-mikrobiom-epitelbarriere-aksen impliceret i CRS. L. lactis W136 probiotisk terapi påvirker både epitelgendannelse og modulering af medfødt og adaptiv immunitet, hvilket understøtter den potentielle interesse i at målrette sinus epitelet og mikrobiomet som potentielle CRS-terapier.

Tag hjem besked

Transkriptomisk profilering antyder virkninger af levende probiotisk Lactococcus lactis W136 bakterie på det syge sinus epitel i refraktær CRS involverer ikke kun modulering af type 1 inflammation og mikrobiom, men implicerer også genoprettelse af integriteten af ​​epitelbarriereaksen.

Erklæring om datatilgængelighed

De originale bidrag præsenteret i undersøgelsen er inkluderet i artiklen/Supplerende materialer, yderligere henvendelser kan rettes til den tilsvarende forfatter.

Etikerklæring

Studierne, der involverede menneskelige deltagere, blev gennemgået og godkendt med godkendelse blev opnået fra Health Canada til intranasal administration af levende L. lactis W136-bakterier (Health Canada registreringsnummer: 191920) og CHUM Institutional Review Board og Ethics Committee (Registration No. 12.288) før forsøgets ydeevne (Clinicaltrials.gov identifikator: NCT04048174). Patienterne/deltagerne gav deres skriftlige informerede samtykke til at deltage i denne undersøgelse.

Forfatterbidrag

SA-R: Patientrekruttering, dataanalyse, litteraturgennemgang, udarbejdelse af manuskript. OH: dataanalyse, litteraturgennemgang, udarbejdelse af manuskript. LEM: Studiedesign, patientrekruttering, dataindsamling og resultater. AF-M: Gen- og vejekspressionsdatabehandling og -analyse. AP: opfattelse af undersøgelsen, dataanalyse, litteraturgennemgang, udarbejdelse af manuskriptet. ARF: dataanalyse, udarbejdelse af manuskript. MD: udformning af undersøgelsen, studiedesign, dataanalyse, udarbejdelse af manuskriptet. Alle forfattere bidrog til artiklen og godkendte den indsendte version.

Finansiering

MD: Merck Research Funds, McGill University, Montreal, Canada (Probiotisk klinisk forsøg), interne midler. CHUM (Ekspressionsanalyse).

Interessekonflikt

MD: Aktieejer, Probionase Therapies Inc. Finansiering af kliniske forsøg: Pfizer, AstraZeneca, GlaxoSmithKline og Sanofi.

Forlagets notat

Alle påstande udtrykt i denne artikel er udelukkende forfatternes og repræsenterer ikke nødvendigvis påstandene fra deres tilknyttede organisationer eller udgiverens, redaktørerne og anmelderne. Ethvert produkt, der kan evalueres i denne artikel, eller krav, der kan fremsættes af dets producent, er ikke garanteret eller godkendt af udgiveren.

Supplerende materiale

Supplerende figur S1. Transkriptomisk vurdering af respons på intranasal Lactococcus lactis W136 hos alle CRS-patienter. Heatmap af top 50 differentielt udtrykte gener med en FDR < 0,05.

Supplerende figur S2. Transkriptomisk vurdering af respons på intranasal Lactococcus lactis W136 i den kroniske bihulebetændelse med nasale polypper (CRSwNP) undergruppe. Heatmap af de øverste 50 differentielt udtrykte gener med en FDR < 0,05.

Supplerende figur S3. Transkriptomisk vurdering af respons på intranasal Lactococcus lactis W136 i undergruppen kronisk bihulebetændelse uden nasale polypper (CRSsNP). Heatmap af de øverste 50 differentielt udtrykte gener med en FDR < 0,05.

Supplerende figur S4. Transkriptomisk vurdering af respons på intranasal Lactococcus lactis W136 i responderens undergruppe. Heatmap af de øverste 50 differentielt udtrykte gener med en FDR < 0,05.

Supplerende figur S5. Transkriptionel respons på 14 dage med Lactococcus lactis W136. Gensætekspressionsanalyse (GSEA) af respons på behandling. (a) Alle CRS-patienter, (b) kronisk bihulebetændelse med næsepolypper (CRSwNP), (c) kronisk bihulebetændelse uden næsepolypper (CRSsNP), (d) Responders. Differentiel ekspression i udvalgte signifikante veje viser et konsistent mønster af forbedret epitelfornyelse (E2F-MÅL, EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION, G2M CHECKPOINT, MYC TARGETS V1, MYC TARGETS V2, PROTEINSECRETION, MITOTIC PATHEL REPARATION), , UV-RESPONS OP), regulering af reaktive oxygenarter (ROS) (HYPOKSIA, REAKTIVE OXIGEN-ARTER PATHWAY, OXIDATIV FOSFORYLERING), aktivering af signalveje (PI3K AKT MTOR SIGNALING, MTORC1 SIGNALING, TGF BETA SIGNALING af adaptiv og nedregulerende signal) (ALLOGRAFT AFVISNING, INTERFERON ALFA SVAR, INTERFERON GAMMA SVAR). Alle præsenterede veje har en FDR < {{10}}.05. Data præsenteres som normaliserede berigelsesscore (NES), hvor værdier > 0 repræsenterer opregulering, og værdier < 0 repræsenterer nedregulering, når man sammenligner ikke-respondere med respondere.

Referencer

Voksen kronisk rhinosinusitis. Nat Rev Dis Primere. (2020) 6(1):86. doi: 10.1038/s41572-020-00218-1

2. Kato A, Schleimer RP, Bleier BS. Mekanismer og patogenese af kronisk rhinosinusitis. J Allergy Clin Immunol. (2022) 149(5):1491-503. doi 10.1016/j.jaci. 2022.02.016

3. Fokkens WJ, Lund VJ, Hopkins C, Hellings PW, Kern R, Reitsma S, et al. Europæisk positionspapir om rhinosinusitis og nasale polypper 2020. Rhinologi. (2020) 58(Suppl S29):1–464. doi: 10.4193/rhin20.600

4. Maniakas A, Asmar MH, Renteria AE, Nayan S, Alromaih S, Endam LM, et al. Azithromycin i højrisiko, refraktær kronisk rhinosinusitis efter endoskopisk sinuskirurgi og kortikosteroidskylninger: et dobbeltblindt, randomiseret, placebokontrolleret forsøg. Int Forum Allergi Rhinol. (2021) 11(4):747-54. doi 10. 1002/alr.22691

5. Akdis CA. Epitelbarrierehypotesen foreslår en omfattende forståelse af oprindelsen af ​​allergiske og andre kroniske ikke-smitsomme sygdomme. J Allergy Clin Immunol. (2022) 149(1):41–4. doi 10.1016/j.jaci.2021.11.010

6. Stapleton AL, Kimple AJ, Goralski JL, Mehdi Nouraie S, Branstetter BF, Shaffer AD, et al. Elexacaftor-lumacaftor-ivacaftor forbedrer sinonasale resultater ved cystisk fibrose. J Cyste Fibros. (2022) 21(5):792-9. doi 10.1016/j.jcf.2022.03.002

7. Mårtensson A, Greiff L, Lamei SS, Lindstedt M, Olofsson TC, Vasquez A, et al. Virkninger af en honningbi mælkesyrebakteriel mikrobiom på menneskelige nasale symptomer, kommensaler og biomarkører. Internationalt Forum for Allergi og Rhinologi (IFAR). (2016) 6(7):956–63. doi 10.1002/alr.21762

8. Mårtensson A, Abolhalaj M, Lindstedt M, Mårtensson A, Olofsson TC, Vásquez A, et al. Klinisk effekt af et topisk mælkesyrebakteriemikrobiom ved kronisk rhinosinusitis: et randomiseret kontrolleret forsøg. Laryngoscope Undersøg Otolaryngol. (2017) 2(6):410–6. doi: 10.1002/lio2.93

9. Endam L, Alromaih S, Gonzalez E, Madrenas J, Cousineau B, Renteria A, et al. Intranasal applikation af Lactococcus Lactis W136 er sikker hos patienter med kronisk rhinosinusitis med tidligere sinuskirurgi. Frontcelle inficerer Microbiol. (2020) 10:440. doi 10.3389/climb.2020.00440

10. Huber W, Carey VJ, Gentleman R, Anders S, Carlson M, Carvalho BS, et al. Orkestrering af high-throughput genomisk analyse med Bioconductor. Nat Metoder. (2015) 12(2):115–21. doi 10.1038/nmeth.3252

11. Benjamini Y, Hochberg Y. Kontrol af den falske opdagelsesrate: en praktisk og kraftfuld tilgang til multiple tests. JR Stat Soc, B. (1995) 57(1):289-300. doi 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x

12. Korotkevich G, Sukhov V, Sergushichev A. Hurtig gensætberigelsesanalyse. bioRxiv. (2019). doi: 10.1101/060012

13. Raheem A, Liang L, Zhang G, Cui S. Modulerende virkninger af probiotika under patogene infektioner med vægt på immunregulering. Front Immunol. (2021) 12:616713. doi 10.3389/femme.2021.616713

14. Delemarre T, Holtappels G, De Ruyck N, Zhang N, Nauwynck H, Bachert C, et al. En væsentlig neutrofil betændelse som en almindelig del af svær type 2 kronisk rhinosinusitis med næsepolypper. J Allergy Clin Immunol. (2021) 147 (1):179–188.e2. doi 10.1016/j.jaci.2020.08.036

15. Matarazzo L, Hernandez Santana YE, Walsh PT, Fallon PG. IL-1 cytokinfamilien er vogteren af ​​barriereimmunitet. Cytokin. (2022) 154:155890. doi 10.1016/j. til.2022.155890m

16. Li R, Ong SL, Tran LM, Jing Z, Liu B, Park SJ, et al. Forfatterkorrektion: kronisk IL-1 -induceret inflammation regulerer epitel-til-mesenkymal overgangshukommelsesfænotyper via epigenetiske modifikationer i ikke-småcellet lungecancer. Sci Rep. (2020) 10:377. doi: 10.1038/s41598-020-61341-3

17. Maillé E, Trinh NTN, Privé A, Bilodeau C, Bissonnette É, Grandvaux N, et al. Regulering af normal og cystisk fibrose luftvejs epitelial reparationsprocesser ved TNF- efter skade. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. (2011) 301:L945–55. doi 10.1152/a plunge.00149.2011

18. Hellings PW, Steelant B. Epitelbarrierer ved allergi og astma. J Allergy Clin Immunol. (2020) 145(6):1499-509. doi 10.1016/j.jaci.2020.04.010

19. Valera FCP, Ruffin M, Adam D, Maillé É, Ibrahim B, Berube J, et al. Staphylococcus aureus hæmmer sinonasal epitelreparation: virkninger hos patienter med kronisk rhinosinusitis med næsepolypper og kontrolpersoner. J Allergy Clin Immunol. (2019) 143(2):591–603.e3. doi 10.1016/j.jaci.2018.05.035

20. Mohammed Saeed W, Cruickshank S, McBain AJ, O'Neill CA. Lactobacillus rhamnosus GG lysat øger re-epitelialisering af keratinocyt scratch assays ved at fremme migration. Sci Rep. (2015) 5:16147. doi: 10.1038/srep16147

21. Bachert C, Han JK, Desrosiers M, Hellings PW, Amin N, Lee SE, et al. Effekt og sikkerhed af dupilumab hos patienter med svær kronisk rhinosinusitis med næsepolypper (LIBERTY NP SINUS-24 og LIBERTY NP SINUS-52): resultater fra to multicenter, randomiserede, dobbeltblindede, placebokontrollerede, parallelle -gruppe fase 3 forsøg. Lancet. (2019) 394(10209):1638-50. doi: 10.1016/S0140-6736(19)31881-1

For more information:1950477648nn@gmail.com