Nytår, ny SARS-CoV-2-variant: Resolutions on Genomic Surveillance Protocols To Face Omicron

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Fremkomsten af ​​SARS-CoV-2 varianter med forbedret overførbarhed og delvisimmunescape (også kendt som Variants of Concern, VOC) har karakteriseret det andet år af COVID-19-pandemien. Genomisk overvågning gør det muligt at identificere skjulte, hurtigt spredte slægter og VOC'er, før de bliver en trussel mod folkesundheden. Det chilenske folkesundhedsinstitut (Instituto de Salud Publica, ISP) har ledet SARS-CoV-2 genomiske overvågningsinitiativer i Chile. Ved hjælp af sekventeringsdata har internetudbyderen signaleret introduktionen af ​​VOC'er og karakteriseret deres overførbarhed og mutationssignaturer, hvilket bidrager til en bedre forståelse af pandemiens lokale træk.1

cistanche propiedades: delvisimmunflugt

Fra den 17. december 2021 havde den nyligt opståede Omicron VOC hurtigt spredt sig til 89 lande, herunder Chile.2 Inden den 21. december havde internetudbyderen identificeret 119 prøver som Omicron. Af disse svarer 118 til ankomster til SCL-lufthavnen og én til fællesskabstransmission (figur 1a, b). Selvom Omicrons epidemiologiske egenskaber stadig er under undersøgelse, tyder aktuelle rapporter på to bekymrende kendsgerninger: For det første har Omicron en omfattende flugt fra både naturlig og vaccine-fremkaldt neutralisering, hvilket øger chancerne for geninfektion og gennembrudsinfektioner.

cistanche salsa fordele

Specifikt,Omicron er immunflugt ville reducere vaccinens effektivitet mod symptomatisk sygdom til 35 procent og 73 procent for henholdsvis 2x nyvaccinerede og boostede individer i betragtning af mRNA-vacciner (Pfifizer-BioNTech's BNT162b2).3 Desuden ser denne beskyttelse mod infektion ud til at aftage inden for få måneder, og flugthastigheden er meget højere for en heterolog BNT162b2-booster hos individer, der er fuldt vaccineret med Sinovacs inaktiverede virusvaccine, CoronaVac.4,5 Selvom pr. 9. januar 2022 er 86.6 procent af den chilenske befolkning fuldt vaccineret og 60,5 procent har fået et booster-skud6 (Figur 1c), svarer de fleste af de administrerede doser til CoronaVac (55,3 procent ) efterfulgt af BNT162b2 (36,4 procent , typisk booster),7 og risikerer dermed endnu en bølge.4

anthocyanin kosttilskud & cistanche kosttilskud

For det andet nåede Omicron i begyndelsen og i fravær af nye NPI'er en fordoblingstid på 1.5- 3 dage,8 og spredte sig således hurtigere end Delta VOC. Dette forklares dog bedre af Omicrons omfattendeimmunundslippe snarere end en iboende stigning i den grundlæggende overførbarhed.9 Derfor kan strengere NPI'er reducere transmissionen betydeligt. Selvom beskyttelse mod alvorlige forløb ser ud til at forblive for Omicron-infektioner, bringer høj forekomst blandt befolkningen den korrekte funktion af kritisk infrastruktur i fare, da store dele af arbejdsstyrken ville kræve tests og karantæne. Derfor er det grundlæggende for informeret beslutningstagning at bestemme de cirkulerende varianter og egenskaber gennem genomisk overvågning.

Selvom genomisk overvågning giver et øjebliksbillede af de cirkulerende varianter og deres mutationssignaturer, afhænger dens pålidelighed af kvaliteten af ​​prøvetagningsprotokollen. I det følgende opsummerer vi officielle anbefalinger for genomisk overvågning10 i fire enkle regler, der skal overvejes for en robust prøveudtagningsprotokol for SARS-CoV-2 genomisk overvågning: CARD-reglerne:

1. Koordineret: Indsatsen fra forskellige enheder bør være centralt rettet og harmoniseret for at undgå udvælgelsesbias, sikre repræsentativitet, optimere ressourceallokering og standardisere prøveudtagningsprotokoller. Denne enhed bør også sikre gennemsigtigheden af ​​prøveudtagningsprotokoller, som skal rapporteres sammen med genomoplysninger til GISAID.

2. Adaptiv: Sekvenseringsintensiteten bør øges for at give bedre opløsning, når en ny variant signaleres ved POE'er og detekteres i samfundstransmission og reduceres til dens basislinjehastighed, når variantdominans er konstateret. Ved at gøre det kan politikerne handle forebyggende (jf. figur 1d).

3. Repræsentativ: Prøveudtagningsprotokoller bør fange rumlige heterogeniteter, sigte mod forskellige etnografiske grupper, tage højde for potentielle kolliderende skævheder (f.eks. som kun prøveudtagning af symptomatiske eller uvaccinerede individer eller fra den samme smittekæde) og være proportional med den aktuelle forekomst af bevare repræsentativiteten. I lande som Chile, hvor bycentre er tyndt fordelt, skal der sikres repræsentativitet på regional basis.

4. Differential: Prøver indsamlet ved (i) indgangssteder (POE'er) og (ii) overvågningscentre bør behandles og analyseres separat, da de tjener forskellige formål. Når nye trusler er opdaget hos POE'er, bør prøveudtagningen fra lokalsamfundet øges, så tidlig udskiftningsdynamik mellem varianter fanges nøjagtigt.

Da vi allerede har opdaget Omicron i samfundstransmission, bør chilenske politiske beslutningstagere dynamisk tilpasse stringensen af ​​ikke-farmaceutiske indgreb for at forhindre spredningen, samtidig med at de tilbyder booster-mRNA-vacciner til større fraktioner af befolkningen.11 I denne fase er genomisk overvågning afgørende for beredskab og politiske beslutningstagere skal ikke kun sigte mod at surfe på bølgen, men også lære af den. Alt i alt har vi større chancer for at lykkes, hvis vi spiller vores KORT rigtigt.

forbedre immuniteten medurte remedier

Referencer

1 Eller ostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. Mutationssignaturer og overførbarhed af SARS-CoV-2 Gamma- og Lambda-varianter. arXiv fortryk arXiv:2108.10018. 2021.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. Hurtig epidemisk udvidelse af SARS-CoV-2 Omicron-varianten i det sydlige Afrika. Natur. 2022.

3 Cele S, Jackson L, Khoury DS, et al. Omicron undslipper i vid udstrækning, men ufuldstændigt Pfifizer BNT162b2-neutralisering. Natur. 2021.

4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS, et al. Immunogenicitet af heterolog BNT162b2 booster i fuldt vaccinerede individer med CoronaVac mod SARS-CoV-2 varianter Delta og Omicron: Den Dominikanske Republik Experience. medRxiv. 2021.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. Neutralisering af SARS-CoV-2 Omicron-variant med sera fra BNT162b2- eller Coronavac-vaccinemodtagere. Clin Infect Dis. 2021:ciab1041.

6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E, et al. En global database over COVID-19-vaccinationer. Nat Hum Behav. 2021:1–7.

7 168 grad informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [Internet]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [citeret 2022Jan13].

8 Torjesen I. Covid-restriktioner skærpes, da Omicron-sager fordobles hver anden til tredje dag. BMJ. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, et al. SARS-CoV-2 Omi cron VOC transmission i danske husstande. medRxiv. 2021 dec.

10 Verdenssundhedsorganisationen. Vejledning til overvågning af SARS CoV-2 varianter. Midlertidig vejledning. [Internet] 9. august 2021.

11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, et al. Afslappende begrænsninger i vaccinationstempoet øger friheden og beskytter mod yderligere COVID-19-bølger. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288