Diversitet og udvikling af beregningsmæssigt forudsagte T-celle-epitoper mod human respiratorisk syncytialvirus

Abstrakt

Humant respiratorisk syncytialvirus (RSV) er en væsentlig årsag til nedre luftvejsinfektion. På trods af mere end 60 års forskning er der ingen godkendt vaccine. Mens B-cellerespons er et stort fokus for vaccinedesign, er T-celleepitopprofilen af ​​RSV også vigtig for vaccineudvikling. Her forudsagde vi beregningsmæssigt formodede T-celleepitoper i fusionsproteinet (F) og glykoproteinet (G) af RSV-vilde cirkulerende stammer ved at forudsige Major Histocompatibility Complex (MHC) klasse I og klasse II bindingsaffinitet. Vi begrænsede vores slutninger til konserverede epitoper i både F- og G-proteiner, der er blevet eksperimentelt valideret. Vi anvendte multidimensionel skalering (MDS) til at konstruere T-celleepitoplandskaber for at undersøge mangfoldigheden og udviklingen af ​​T-celleprofiler på tværs af forskellige RSV-stammer. Vi finder, at RSV-stammerne er samlet i tre RSV-A-grupper og to RSV-B-grupper på dette T-epitoplandskab. Disse klynger repræsenterer divergerende RSV-stammer med potentielt forskellige immunogene profiler. Derudover viser vores resultater en større andel af bevarelse af F-protein T-celleepitopindhold blandt nyere epidemiske stammer, hvorimod G-protein T-celleepitopindholdet blev reduceret. Det er vigtigt, at vores resultater tyder på, at RSV-A og RSV-B har forskellige mønstre for epitopdrift og -erstatning, og at RSV-B-vacciner muligvis har brug for hyppigere opdateringer. Vores undersøgelse giver en ny ramme til at studere RSV T-celleepitopevolution. At forstå mønstrene for T-celleepitopbevarelse og -ændring kan være værdifuldt for vaccinedesign og -vurdering.

Fordele ved cistanche tubulosa-styrke immunsystemet

Forfattersammendrag

Nedre luftvejsinfektioner forårsaget af human respiratory syncytial virus (RSV) er en global sundhedsudfordring. B-celleepitopimmunrespons har været hovedfokus for RSV-vaccine og terapeutisk udvikling. T-celleepitop-induceret immunitet spiller imidlertid en vigtig rolle i opløsningen af ​​RSV-infektion. Mens RSV genetisk diversitet er blevet rapporteret bredt, fokuserer få undersøgelser på RSV T-celle epitopdiversitet, som kan påvirke vaccinens effektivitet. Her bruger vi beregningsmæssigt forudsagte T-celleepitopprofiler af cirkulerende stammer til at karakterisere mangfoldigheden og udviklingen af ​​T-celleepitopen af ​​RSV A og B. Vi evaluerer systematisk T-celleepitopprofilen af ​​RSV F- og G-proteiner. Vi leverer en T-celle-epitop-landskabsvisualisering, der viser co-cirkulationen af ​​tre RSV-A-grupper og to RSV-B-grupper, hvilket tyder på potentielt særskilt T-celleimmunitet. Desuden viser vores undersøgelse forskellige niveauer af bevarelse af F- og G-protein T-celleepitopindhold, hvilket kan være vigtigt at korrelere med varigheden af ​​vaccinebeskyttelse. Denne undersøgelse giver en ny ramme til at studere RSV T-celle-epitopevolution, udlede RSV T-celle-immunitet på populationsniveauer og overvåge RSV-vaccines effektivitet.

Introduktion

Human respiratory syncytial virus (RSV) er en negativ-strenget RNA-virus, der er klassificeret iOrthopneumovirusfamiliens slægtPneumoviridae. Det er en væsentlig årsag til sygdom i nedre luftveje hos små spædbørn, immunkompromitterede individer og ældre mennesker, hvilket resulterer i årlige epidemier verden over [1]. Det enkeltstrengede RNA-genom af RSV er ca. 15,2 kb og koder for 11 virale proteiner [2]. Fusion (F) og Glycoprotein (G) proteiner er de to vigtigste overfladeproteiner [3]. F-protein menes generelt at være konserveret, og derfor er det i fokus for de fleste nuværende RSV-vaccinedesigns. Selvom G-proteinet er meget variabelt, tyder dets bidrag til sygdomspatogenese og dets rolle i infektionsbiologien, at det også kan være et effektivt RSV-vaccineantigen [4]. På trods af den betydelige byrde af RSV-infektion på verdensplan, er der ingen licenseret vaccine. Den eneste godkendte intervention er passiv immunprofylakse med palivizumab, som opnås ved at administrere det monoklonale antistof (mAb) til en meget begrænset gruppe af spædbørn under 24 måneder, og behandlingen skal gentages månedligt i RSV-sæsonen pga. kort halveringstid af antistoffet [5,6]. På grund af de høje omkostninger ved monoklonale antistofbehandlinger er denne intervention begrænset til højrisikobørn og er generelt utilgængelig i udviklingslande. En RSV-vaccine er en presserende global sundhedsprioritet, og det er sandsynligt, at der er behov for forskellige strategier for de forskellige højrisikogrupper.

cistanche fordele-styrker immunsystemet

En række forskerhold har arbejdet på udviklingen af ​​RSV-vaccinen siden dens isolering og karakterisering i 1956 [7,8]. Vaccination med den formalin-inaktiverede, alun-præcipiterede RSV (FI-RSV)-vaccine hos RSV-naive spædbørn og småbørn førte imidlertid til udviklingen af ​​vaccineforstærket sygdom (VED), der hæmmede vaccineudviklingen i årtier fremover [9 ]. Mange undersøgelser er blevet udført for at forklare dette uønskede resultat. Det er sandsynligt, at formalinfiksering førte til en vaccine, der for det meste præsenterede postfusionskonformationen af ​​RSV F-protein, hvilket førte til et overskud af ikke-neutraliserende antistoffer og immunkompleksdannelse [10-12]. Andre undersøgelser indikerede, at et svækket T-cellerespons med Th2-skævning [13,14], såvel som komplementaflejring i lungerne, bidrog til øget neutrofilrekruttering [12]. Den seneste udvikling, herunder opløsningen af ​​F-proteinet [15] og udviklingen af ​​RSV-gnavermodeller [16] har bidraget til en række vaccinekandidater med nye designs og formuleringer i øjeblikket i kliniske forsøg [3,17,18]. Mens de fleste nuværende RSV-vaccinationsstrategier fokuserer på en B-celle-induceret neutraliseringsimmunrespons, spiller T-celle-immunitet også en vigtig rolle i opløsningen af ​​virusinfektion og er afgørende for udvikling af RSV-vaccine [17,18]. Når RSV-infektion i de nedre luftveje er etableret, spiller CD8 T-celler en vigtig rolle i viral clearance, og CD4-hjælper-T-celler kan orkestrere cellulære immunresponser og stimulere B-celler til at producere antistoffer. Th2-biased responser er imidlertid blevet forbundet med dyremodeller af RSV VED, og ​​måling af Th1- og Th2-responser anses for at være vigtige for at forudsige sikkerheden af ​​vaccinekandidater [12]. Derfor ville induktion af et afbalanceret cellemedieret immunrespons gennem vaccination fremme RSV-clearance, men der skal udvises forsigtighed for at undgå potentialet for immunopatologi. Tilsammen er der behov for en nærmere undersøgelse af T-celleimmunitet og virussekvenserne, der inducerer T-celleresponser til udvikling af RSV-vaccine.

Det humane respiratoriske syncytiale virus har et komplekst cirkulationsmønster i den menneskelige befolkning. Inden for to antigene grupper, RSV-A og RSV-B, kan forskellige genotyper co-cirkulere inden for det samme samfund, mens nye RSV-genotyper med høj genomisk diversitet kan opstå og potentielt erstatte de tidligere dominerende genotyper [19]. I de senere år er flere unikke genetiske modifikationer i RSV blevet identificeret, herunder en 72-nukleotid (nt) duplikation (ON genotype) i RSV-AG gen og en anden med en 60-nt duplikation (BA genotype) ) i RSV-B i en lignende region [20]. Den observerede RSV-genetiske diversitet har rejst et spørgsmål om, hvorvidt det er nødvendigt for en RSV-vaccine at inkludere flere forskellige stammer for at være effektiv. De fleste aktuelle udviklinger af RSV-vacciner er baseret på en RSV A2-laboratoriestamme, som er en kimærisk stamme, der tilhører subtype A [21]. Selvom disse behandlinger lover, er der mulighed for, at virale stammer udvikler undslippemutationer. For eksempel er palivizumab-resistente stammer blevet isoleret fra både RSV-gnavermodeller og mennesker [17,22]. Flere beviser tyder også på, at antigen variation kan spille en rolle i RSV's evne til at undslippe immunrespons og etablerede infektioner [23]. Mens højt konserverede T-celleepitoper i RSV-vaccinen muligvis ikke giver fuldstændig beskyttelse mod infektion, når krydsbeskyttende antistofreaktioner mangler, kan stærkt konserverede T-celleepitoper i vaccinen stadig reducere sygdommens sværhedsgrad og begrænse spredningen af ​​virussen. Imidlertid er aminosyrevariation på T-celleepitopniveau og den potentielle fremkomst af nye T-celleepitoper af nyere RSV-cirkulerende stammer blevet rapporteret [24], og yderligere undersøgelser er nødvendige for at illustrere virkningerne af aminosyrevariationer på T-celle-genkendelse . Derfor er karakterisering af T-celleepitopprofiler på tværs af forskellige stammer meget vigtig for at forstå RSV-udvikling og kan være vigtig for RSV-vaccineudvikling.

cistanche planteforøgende immunsystem

Klik her for at se produkter fra Cistanche Enhance Immunity

【Spørg om mere】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

I denne undersøgelse anvender vi immunoinformatiske tilgange, der er implementeret i iVAX-værktøjssættet [25] til at forudsige T-celleepitoper i RSV på tværs af forskellige stammer med fokus på de to store overfladeproteiner F og G. Med analysen af ​​et omfattende datasæt, evaluere den afstamningsspecifikke T-celleepitopprofil af RSV. Vi skaber også sekvensbaserede T-celleepitoplandskaber baseret på epitopindholdssammenligning på tværs af forskellige stammer og korrelerer yderligere RSV T-celleimmunitetsændring med virusudvikling. Andelen af ​​krydskonserveret T-celleepitopindhold mellem vaccinekandidatstammer, der udviklede sig tidligere, og RSV-cirkulerende stammer med forskellige isolationsår og -lokationer blev også beregnet. Disse analyser kan hjælpe med at forstå RSV T-celle-immunitet på tværs af forskellige stammer og bidrage til nuværende vaccinedesignbestræbelser.

Resultater

Fordeling af T-celleepitoper i RSV-overfladeproteiner

Vi evaluerede det T-celle-immunogene potentiale på tværs af RSV-overfladeproteiner ved at scanne 9 restregioner for at forudsige bindingssandsynligheden til MHC klasse I- og klasse II-molekyler (fig. 1). Epitopdensiteten af ​​RSV-overfladeproteiner blev evalueret under anvendelse af en normaliseret epitopdensitetsscore, som beregnes ved at opsummere den forudsagte peptid-MHC-bindingsscore på tværs af proteinet og normalisere den med proteinlængden. Scoren for tilfældigt genererede proteiner er sat til nul, og vaccineantigener scorer generelt over +20 på denne skala [25]. F-protein har en epitopdensitetsscore, der er større end +20 for både klasse I og klasse II immunogenicitetsskalaanalyse, hvilket indikerer signifikant immunogent potentiale [25]. Dette står i kontrast til lavere G-protein klasse I og klasse II epitopdensitetsproteinscore for begge RSV-undertyper. Klasse I-epitopdensitetsscore for G-protein var større end +10 i begge undertyper, men klasse II-densiteten var lavere end tilfældig forventning i analysen af ​​RSV-B (fig. 1A). Dette resultat tyder på, at RSV-overfladeproteiner sandsynligvis har potentialet til at stimulere T-celler, som er nødvendige for beskyttende immunitet. Vi undersøgte derefter fordelingen af ​​T-celle-immunogenicitet på tværs af proteinerne og fandt ud af, at der er regioner med relativt højt T-celle-immunogenicitet (fig. 1B). Fordelingen af ​​T-celle-immunogenicitet af F-protein blev kortlagt på dets proteinstruktur og overlap mellem proteinsekvensregioner med højt T-celle-immunitetspotentiale, og de antistofneutraliserende mål blev observeret ved det antigene sted F og sted II.

Fig. 1. T-celleimmunogent potentiale for RSV-overfladeproteiner baseret på MHC-bindingsforudsigelse

Slægtsspecifikke T-celleepitopprofiler

Vi udvidede derefter T-celleepitopforudsigelser fra RSV-repræsentative stammer til flere vilde cirkulerende stammer. Fordelingen og diversiteten af ​​T-celleepitoper på tværs af forskellige stammer er illustreret i varmekort med de tilsvarende tidsskalerede fylogenier (S1 og S2 figurer). Både F- og G-proteiner indeholder epitoper, der blev konserveret på tværs af alle RSV-stammer i næsten 100 % af de udtagne isolater, hvilket tyder på, at de kunne tjene som højkvalitets T-celleepitopkandidater til vaccinedesign. I modsætning hertil var nogle epitoper muteret i udvalgte stammer, og de epitoper, der kun forekom i visse klader inden for fylogenien, kunne fortolkes som kladespecifikke "fingeraftryk".

G-genduplikationsbegivenhederne i RSV, som er unikke gensignaturer, kan enten flytte positionen af ​​epitoper (placeringer er forskellige, men aminosyrerne af epitoper er identiske med G-proteinisolaterne uden duplikation) eller forårsage fremkomsten af ​​nye epitoper. To nye klasse I-epitoper (nr. 31 og nr. 40 i S2A Fig) blev fundet i RSV-A-stammer, der indeholder G-genduplikation. Derudover blev en emergent klasse II-epitop (nr. 25 i S2A Fig) identificeret i RSV-A-sekvenser, der indeholder G-genduplikation, hvilket var et skift fra en epitop (nr. 24), der er blevet observeret i andre stammer. Fra RSV-B-stammer, der indeholder G-gen-duplikationshændelsen, observerede vi også flere afstamningsspecifikke klasse IT-celleepitoper, som er forårsaget af en 2-aminosyre (aa) deletion (aa157 og aa158) i disse stammer i stedet for af direkte på grund af 60-nt duplikeringshændelsen. RSV-B G-proteiner, der har duplikationshændelsen, indeholder flere nye epitoper (nr. 22, 23, 26, 28, 30, 37), men indeholder ikke flere epitoper (nr. 24, 25, 27, 29, 31, 38) der er identificeret i andre stammer (S2B Fig.). For yderligere at bestemme, om de beregningsmæssigt forudsagte T-celleepitoper med højt MHC-bindingspotentiale er immunogene, brugte vi JanusMatrix [27]-algoritmen til at identificere de T-celleepitoper, der sandsynligvis vil blive krydskonserveret med humane peptider og derved tolereret af immunsystemet . Baseret på denne analyse er 6,45 % af formodede klasse I-epitoper og 1,12 % af formodede klasse II-epitoper af RSV-hovedoverfladeproteiner krydskonserveret med humane proteomafledte epitoper ved rester, der vender mod T-cellereceptoren (TCR). Da disse peptider har lignende HLA-bindingspræferencer, som er indeholdt i humane proteiner (S3 Fig), blev de derfor antaget ikke at være immunogene. Efter at have udelukket epitoper med høj JanusMatrix-score identificeret ovenfor, var vi i stand til at identificere T-celleepitoper, der var bevaret i mere end 60% af aktuelt cirkulerende RSV-stammer. Vi søgte i IEDB-epitopdatabasen for at bestemme, om disse epitoper var relateret til eksperimentelt validerede RSV T-celleepitoper eller HLA-ligander (tabel A i S1-tekst). De konserverede RSV T-celle-epitopsekvenser, der kan være vigtige for fremtidig vaccineudvikling, er vist i tabel 1 og 2 (tabel B og C i S1-tekst).

Tabel 1. Eksperimentelt validerede konserverede MHC klasse I epitoper peptider i RSV hovedoverfladeproteiner

Forudsagte RSV T-celle epitop landskaber 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 årtier). Analyse af RSV-B viser en omsætning af de forudsagte immunfænotyper med korte perioder med co-cirkulation (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

Tabel 2. Eksperimentelt validerede konserverede MHC klasse II epitoper peptider i RSV hovedoverfladeproteiner

Fig 2. Forudsagte T-celle-epitoplandskaber og genetisk udvikling af RSV-overfladeproteiner

Der er flere tilgængelige metoder til at forudsige T-celleepitoper [31], hvilket kan resultere i forskellige rekonstruerede landskaber, hvis der er en systematisk skævhed i forudsigelsesmetoden. Vi brugte NetMHCpan-metoden [32] til at forudsige T-celleepitoper og udføre den samme landskabsrekonstruktion ved hjælp af MHC klasse I-bindingsforudsigelser for RSV-AF-protein. Vores analyse viste et konsekvent klynget mønster af RSV T-epitopprofil på landskabet uanset T-celleepitopforudsigelsesmetoden (S7 Fig.).

Fig. 3. Evaluering af tidligere anvendte RSV-vaccinekandidatstammer med T-celleepitopindhold i cirkulerende stammer

Vurdering af vaccinekandidatstammer med indhold af T-celleepitop

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) og en relativt lavere grad af konservering mod nyligt isolerede stammer. Et lignende fald i T-celleepitopbevarelse med tiden blev identificeret for vaccinestamme CP52 blandt cirkulerende RSV-B-stammer.

Diskussion

Selvom både CD4 og CD8 T-celler bidrager til beskyttelse mod RSV-induceret sygdom efter primær infektion [16,34], har T-celleepitoper fået begrænset opmærksomhed i RSV-forskningsindsatsen. Vi demonstrerer, at RSV-overfladeproteiner ser ud til at have betydeligt potentiale til at drive T-celle-immunitet ved hjælp af en beregningsmetode baseret på deres T-celle-epitop-densitetsscore som bestemt af MHC-molekylær bindingsforudsigelse. Den relativt høje formodede T-celle-epitop-densitet kan gøre F-protein til et godt mål for RSV-vaccinen. Ud over analysen af ​​T-celleepitopdensitet og fordeling i RSV-hovedoverfladeproteiner påviste vi også afstamningsspecifikke variationer i T-celleepitopindhold. Selvom RSV F-protein menes at være velbevaret, observeres epitopmutationer på tværs af forskellige afstamninger i F-proteinet, hvilket tyder på, at undersøgelse af de afstamningsspecifikke T-celleepitoper i RSV kan give indsigt i virkningen af ​​immunselektion på viral diversitet og persistens . I modsætning til det konserverede F-protein rapporteres RSV G-protein at være meget variabelt, vi observerede stadig potentielle konserverede T-celleepitoper på tværs af forskellige stammer, hvilket tyder på en stor interesse for det G-protein-konserverede domæne som potentielle vaccinemål på T-celle-immunbeskyttelse . Mens eksperimentel validering er nødvendig, fremhæver denne analyse vigtigheden af ​​at forstå epitopbevarelse på populationsniveau, da det kan give vigtig indsigt i udviklingen af ​​T-celleepitopdrevne vacciner mod RSV-infektion.

Et hovedfokus i vores arbejde er udviklingen af ​​en sekvensbaseret metode til at kortlægge udviklingen af ​​T-celleimmunitet på tværs af forskellige farvninger. Efter et tidligere afgørende arbejde, der brugte MDS-metoden til at kortlægge den evolutionære tilpasning af influenza A-virus-induceret af CD8 T-celler ved hjælp af tilstedeværelsen og fraværet af MHC klasse I-epitoper [35], konstruerede vi RSV T-celle-immunitetslandskaber ved hjælp af immunafstande, der blev genereret af T-celle-epitop-krydsbevaringsanalyser, som giver mulighed for nem visualisering og intuitiv forståelse af potentialet for T-celle-immunitetsforhold mellem forskellige stammer. Ved sammenligning på tværs af stammer fandt vi, at T-celleepitopindholdet i RSV-overfladeproteiner fra forskellige stammer kan grupperes, som det er blevet observeret for det antigene forhold, der er rapporteret i andre patogener [36,37]. Vores resultater viser også overensstemmelsen mellem RSV T-celle-immunitetsklynger og deres tilsvarende fylogeni, med sekvenser i den samme klade, der generelt tilhører den samme T-celle-immunklynge. Det er vigtigt, at vi også observerer forskellige mønstre af T-celleepitopudvikling af RSV-vilde stammer sammenlignet med deres genetiske udvikling. Vi finder ud af, at RSV-stammerne med G-genduplikationer stadig kan klynge sig sammen med tidligere RSV-isolater på T-celleepitop-MDS-rummet. Vores resultater fremhæver vigtigheden af ​​at karakterisere T-celleepitopændringer i RSV.

cistanche tubulosa-forbedrer immunsystemet

Vi identificerede meget konserverede RSV T-celleepitoper i denne undersøgelse, hvoraf nogle allerede er eksperimentelt valideret og offentliggjort i IEDB-databasen. Vi identificerede dog også adskillige andre konserverede T-celleepitoper, som ikke tidligere er blevet beskrevet. Disse kan være værdifulde for vaccinedesign, selvom eksperimentel validering vil være nødvendig. Endvidere antyder homologien af ​​udvalgte RSV-epitoper med humane peptider, at nogle forudsagte RSV T-celleepitoper kan tolereres af det humane immunsystem eller kunne inducere et skadeligt krydsreaktivt immunrespons mod humane proteiner, når de administreres med en adjuvans [27]. Visse aspekter af immunitet over for RSV blev ikke behandlet af denne undersøgelse. For eksempel anses neutraliserende antistofresponser for tiden for at være den vigtigste korrelat af immunitet. Selvom neutraliserende antistoffer ikke direkte ville blive fremkaldt af en T-celleepitopdrevet vaccine, er hjælper (CD4) T-celleepitoper påkrævet for at generere antistoffer med høj affinitet og høj specificitet. Vi bemærker også, at vi har begrænset vores fokus på de to store RSV-overfladeproteiner i vores nuværende analyse, men andre RSV-proteiner som N-, M- eller M2-2-proteiner kan også bidrage til vaccinens effektivitet [38].

cistanche tubulosa-forbedrer immunsystemet

En effektiv vaccine mod variable vira bør indeholde T-celleepitoper, der er meget konserverede blandt cirkulerende stammer [39]. Vaccineeffektiviteten kan formindskes, hvis T-celleepitoper i en vaccinestamme ikke matcher, når nye stammer af patogener dukker op. I denne undersøgelse brugte vi en immunoinformatisk-baseret tilgang til at estimere krydskonserverede T-celle-epitopindhold mellem to levende svækkede vaccinekandidatstammer og RSV-cirkulerende vilde stammer. Vi fandt, at der var en lav andel af krydskonserveret T-celleepitopindhold med vaccinestammer, der tilhørte forskellige antigene grupper, hvilket indikerer risikoen for at bruge en enkelt undertypestamme i RSV-vacciner. Derudover observerede vi en lavere andel af krydskonserveret G-protein T-celle-epitopindhold mellem vaccinestammer og nylige cirkulerende stammer i den samme antigene gruppe, hvilket tyder på, at inkluderende T-celleepitoper fra forskellige stammer i den samme antigene gruppe også kan være vigtig for udvikling af RSV-vaccine. Selvom vi ikke observerede en signifikant ændring i krydskonserveret T-celle-epitopindhold i F-protein, kan vi ikke udelukke muligheden for, at variation af F-protein i fremtiden kunne gøre en enkeltstammebaseret vaccine mindre effektiv. Vores nuværende analyse er baseret på reducerede datasæt på grund af den store beregningskapacitet, der kræves for at udføre sammenligning af epitopindhold. Vi konstruerede disse repræsentative datasæt ved tilfældigt at udtage de komplette datasæt i henhold til geografiske regioner og isolerede år. Vores resultater kan afspejle T-celle-epitop-diversiteten af ​​offentligt tilgængelige RSV-stammer, men yderligere RSV-overvågning kan være påkrævet for at få et fuldstændigt billede af T-celleepitopvariabiliteten af ​​RSV.

Vores nuværende undersøgelse er begrænset af manglende eksperimentel validering af forudsigelse af T-celleepitop. Vi fokuserer på beregningsmæssigt forudsagt MHC-binding for at identificere T-celleepitoper. Selvom styrken af ​​MHC-binding er nøgleparameteren, der bestemmer et peptids immunogenicitet, men ikke tilstrækkeligt til, at et modul er immunogent [40]. Andre aspekter forbundet med patogeninduceret T-celle-immunrespons, såsom passende antigenbearbejdning [41] og T-cellereceptorgenkendelse [40] tages ikke i betragtning i denne undersøgelse, hvilket kan forårsage skævhed i de beregningsbaserede T-celle-epitoplandskaber. Imidlertid afspejler det observerede klyngemønster af RSV-overfladeproteiner på T-celleepitoplandskabet i denne undersøgelse mangfoldigheden af ​​T-celleepitoper inden for forskellige stammer. Denne opdagelse giver værdifuld indsigt i virusudvikling i aspekterne af T-celle-immunitet og kan bidrage til udvælgelse af stammer til vaccinedesign. Samlet set giver denne undersøgelse en fokuseret analyse af T-celleepitoper i RSV-hovedoverfladeproteiner ved hjælp af beregningsværktøjer. Vi udførte en omfattende T-celle-epitop-forudsigelse for RSV, der viser det immunologiske forhold mellem T-celleepitoper i RSV-overfladeproteiner. Denne undersøgelse viser, at T-celleepitopevolution kan afvige fra genetisk variation og giver en ramme for udvikling af en integreret epitop-baseret RSV-vaccine og evalueringsmetoder, der kan bruges til at optimere vaccinationsstrategier.

Referencer

1. Crowe JE Jr., Williams JV. Paramyxovirus: Respiratorisk syncytialvirus og humant metapneumovirus: virale infektioner hos mennesker. 2014 27. feb:601-27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K, et al. Komplette genomsekvenser af humant respiratorisk syncytialvirus genotype A og B isolater fra Sydkorea. Genome annoncering. 2015; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Struktur og funktion af respiratorisk syncytial virus overflade glycoproteiner. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83-104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Beskyttende antigene steder i respiratorisk syncytialvirus G-bindingsprotein uden for de centrale konserverede og cysteinsløjfedomæner. PLOS Patogener. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. Opdateret vejledning for palivizumab-profylakse blandt spædbørn og småbørn med øget risiko for indlæggelse på grund af respiratorisk syncytial virusinfektion. Pædiatri. 2014; 134(2):e620–38. Epub 2014/30/07. https://doi.org/10.1542/peds.2014-1666 PMID: 25070304.

6. Palivizumab, et humaniseret respiratorisk syncytial virus monoklonalt antistof, reducerer hospitalsindlæggelse på grund af respiratorisk syncytial virusinfektion hos højrisikospædbørn. IMPact-RSV Study Group. Pædiatri. 1998; 102(3 Pt 1):531-7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. Tre dosisniveauer af en maternal respiratorisk syncytial virusvaccinekandidat er veltolereret og immunogen i et randomiseret forsøg med ikke-gravide kvinder. J Infect Dis. 2022; 225(12):2067-76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Nuværende tilstand og udfordringer i udviklingen af ​​respiratoriske syncytiale virusvacciner. Vacciner (Basel). 2020; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K, et al. Respiratorisk syncytial virussygdom hos spædbørn på trods af forudgående administration af antigen inaktiveret vaccine. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422-34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Forstærket pulmonal histopatologi er observeret hos bomuldsrotter immuniseret med formalin-inaktiveret respiratorisk syncytialvirus (RSV) eller oprenset F-glycoprotein og udfordret med RSV 3-6 måneder efter immunisering. Vaccine. 1990; 8(5):497-502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killlikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Præfusion F er fraværende på overfladen af ​​formalin-inaktiveret respiratorisk syncytialvirus. Videnskabelige rapporter. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. En rolle for immunkomplekser i forstærket respiratorisk syncytial virussygdom. J Exp Med. 2002; 196(6):859-65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. Forstærket pulmonal histopatologi induceret af respiratorisk syncytialvirus (RSV) udfordring af formalin-inaktiverede RSV-immuniserede BALB/c-mus ophæves ved udtømning af interleukin-4 (IL-4) og IL-10. J Virol. 1994; 68 (8):5321-5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Respiratorisk syncytial virusinfektion i BALB/c-mus, der tidligere er immuniseret med formalin-inaktiveret virus, inducerer øget pulmonal inflammatorisk respons med et overvejende Th2-lignende cytokinmønster. J Virol. 1996; 70(5):2852-60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.

15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Forbigående åbning af trimere præfusions-RSV F-proteiner. Nat Commun. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, har modtaget forskningsmidler fra MedImmune og Janssen, har været betalt konsulent for MedImmune og er i det videnskabelige rådgivende udvalg for Calder Biosciences. MSAG er en navngiven opfinder på en patentansøgning for RSV F-rettede enkelt-domæne antistoffer. PF-H., GP, A.vW. og JPML er ansatte i Janssen, et medicinalfirma tilhørende Johnson & Johnson.

16. Taylor G. Dyremodeller af respiratorisk syncytial virusinfektion. Vaccine. 2017; 35(3):469-80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Profil af respiratorisk syncytialvirus præfusogen fusionsprotein nanopartikelvaccine. Ekspert Rev Vacciner. 2021; 20(4):351-64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. Det respiratoriske syncytiale virusvaccinelandskab: lektioner fra kirkegården og lovende kandidater. Lancet Infect Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS, et al. Gradvis udskiftning af al tidligere cirkulerende respiratorisk syncytial virus A-stamme med den nye ON1-genotype i Lanzhou fra 2010 til 2017. Medicin (Baltimore). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO, et al. Samcirkulation af 72bp duplikationsgruppe A og 60bp duplikationsgruppe B Respiratory Syncytial Virus (RSV) stammer i Riyadh, Saudi-Arabien i 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. Strukturelt grundlag for respiratorisk syncytialvirus subtypeafhængig neutralisering af et antistof rettet mod fusionsglycoproteinet. Naturkommunikation. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. Neutraliserende epitoper af RSV og palivizumab-resistens i Japan. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127-34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.2017-09 PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.

23. Sullender WM. Respiratorisk syncytial virus genetisk og antigen diversitet. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, indholdsfortegnelse. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y, et al. Genetiske variationer i fusionsproteinet af respiratorisk syncytialvirus isoleret fra børn indlagt med samfundserhvervet lungebetændelse i Kina. Videnskabelige rapporter. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. Bedre epitopopdagelse, præcisionsimmunteknik og accelereret vaccinedesign ved hjælp af immuninformatiske værktøjer. Front Immunol. 2020; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM, et al. Hurtig profilering af RSV-antistofrepertoirer fra hukommelse B-celler fra naturligt inficerede voksne donorer. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.

27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Integreret vurdering af forudsagt MHC-binding og krydskonservering med sig selv afslører mønstre af viral camouflage. BMC Bioinformatik. 2014; 15 Suppl 4(Suppl 4):S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, et al. Forening af patogeners epidemiologiske og evolutionære dynamik. Videnskab. 2004; 303(5656):327-32. Epub 2004/01/17. https:// doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Kortlægning af den antigene og genetiske udvikling af influenzavirus. Videnskab. 2004; 305(5682):371-6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et al. Integrering af influenza antigen dynamik med molekylær evolution. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics Comes of Age. PLOS beregningsbiologi. 2006; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 og NetMHCIIpan-4.0: forbedrede forudsigelser af MHC-antigenpræsentation ved samtidig dekonvolution af motiv og integration af MS MHC-eluerede liganddata. Nukleinsyreforskning. 2020; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie'rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. T-celleepitopindhold sammenligning (EpiCC) af svine H1 influenza A virus hæmagglutinin. Influenza andre respirvirus. 2017; 11(6):531-42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.

34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. Det menneskelige immunrespons på respiratorisk syncytial virusinfektion. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481-502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.00090-16 PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Langsigtet tilpasning af influenza A-virussen ved at undslippe cytotoksisk T-celle-genkendelse. Videnskabelige rapporter. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL, et al. Dengue-virus grupperer sig antigent, men ikke som adskilte serotyper. Videnskab. 2015; 349(6254):1338-43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM, et al. Antigen kartografi af immunresponser på Plasmodium falciparum erytrocytmembranprotein 1 (PfEMP1). PLOS Patogener. 2019; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Karakterisering af respiratorisk syncytialvirus M- og M2-specifikke CD4 T-celler i en murin model. Journal of Virology. 2009; 83(10):4934-41. https:// doi.org/10.1128/JVI.02140-08 PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Ud over kliniske forsøg: Evolutionære og epidemiologiske overvejelser for udvikling af en universel influenzavaccine. PLOS Patogener. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T Cell Epitope Prediction and Its Application to Immunotherapy. Front Immunol. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. CD4+ T-celle-epitop-forudsigelse ved hjælp af antigenbehandlingsbegrænsninger. J Immunol Methods. 2016; 432:72-81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. Nyt og udvideligt genotypesystem til human respiratorisk syncytialvirus baseret på hel-genomsekvensanalyse. Influenza andre respirvirus. 2022; 16(3):492-500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. LABEL: Hurtig og nøjagtig afstamningstildeling med vurdering af H5N1- og H9N2-influenza A-hæmagglutininer. PLOS ET. 2014; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. Organisation UNbtWH. Verdenssundhedsstatistik 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integreret proteinsekvens og strukturel tilpasning. Nukleinsyreforskning. 2019; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000; 16(6):276-7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR, et al. Udskiftning af F- og G-proteinerne fra respiratorisk syncytialvirus (RSV)-undergruppe A med dem fra undergruppe B genererer kimære levende svækkede RSV-undergruppe B-vaccinekandidater. J Virol. 1999; 73(12):9773-80. Epub 1999/11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML version 8: et værktøj til fylogenetisk analyse og efteranalyse af store fylogenier. Bioinformatik. 2014; 30(9):1312-3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Maksimal sandsynlighed fylodynamisk analyse. Virus udvikling. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. blive enige om en r-pakke til visualisering og annotering af fylogenetiske træer med deres kovariater og andre tilhørende data. Metoder i økologi og evolution. 2017; 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. Adskillige almindelige HLADR-typer deler stort set overlappende peptidbindingsrepertoirer. J Immunol. 1998; 160(7):3363-73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. Ni store HLA klasse I supertyper tegner sig for den store overvægt af HLA-A og -B polymorfi. Immunogenetik. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: den universelle protein videnbase i 2021. Nucleic Acids Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et al. iVAX: Et integreret værktøjssæt til udvælgelse og optimering af antigener og design af epitop-drevne vacciner. Humane vacciner og immunterapi. 2015; 11(9):2312-21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. Et meget potent antistof med forlænget halveringstid som et potentielt RSV-vaccinesurrogat til alle spædbørn. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Strukturen af ​​respiratorisk syncytialvirusfusionsglycoprotein i postfusionskonformationen afslører bevarelsen af ​​neutraliserende epitoper. J Virol. 2011; 85 (15):7788-96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.00555-11 PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: a consensus method for the major histocompatibility complex class I predictions. Immunogenetik. 2012; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319

58. GOWER JC. Nogle afstandsegenskaber for latente rod- og vektormetoder bruges i multivariat analyse. Biometrika. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sanchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Multivariat analyse. Academic Press, LondonNew York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 s., $61.00. Biometrisk Tidsskrift. 1982;24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: En R-pakke til bestemmelse af det relevante antal klynger i et datasæt. Journal of Statistical Software. 2014; 61(6):1-36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Multidimensional skalering ved hjælp af majorisering: SMACOF i R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03