Urinviromforstyrrelser ved nyretransplantation

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Tara K. Sigdel et al

Det menneskelige mikrobiom er vigtigt for sundheden og spiller en rolle i væsentlige metaboliske funktioner og beskyttelse mod visse patogener. Omvendt ses dysbiose af mikrobiomet i sammenhæng med forskellige sygdomme. Nylige undersøgelser har fremhævet, at et komplekst mikrobielt samfund, der indeholder hundredvis af bakterier, koloniserer de sunde urinveje, men man ved kun lidt om menneskets urinvira i sundhed og sygdom. At evaluere det menneskelige urinvirom i forbindelse mednyretransplantation (tx), variationer i sammensætningen af ​​urinviromet blev evalueret i urinprøver fra normale raske frivillige samt patienter mednyresygdomefter at de havde gennemgået nyre-tx. Væskekromatografi-massespektrometri/massespektrometri-analyse blev udført på en udvalgt kohorte på 142nyrertx patienter og normale sunde kontroller fra en større biobank på 770nyrebiopsi matchede urinprøver. Ud over analyse af normal sund kontrolurin er kohorten afnyretx-patienter havde biopsi-bekræftet fænotypeklassificering, der faldt sammen med den analyserede urinprøve, af stabile transplantater (STA), akut afstødning, BK-virus-nefritis og kronisk allograft-nephropati. Vi identificerede 37 unikke vira, hvoraf 29 identificeres for første gang i humane urinprøver. Sammensætningen af ​​det humane urinvirom adskiller sig med hensyn til helbred og nyreskade, og fordelingen af ​​virale proteiner i urinvejene kan blive yderligere påvirket af IS-eksponering, diæt og miljømæssig, diætmæssig eller kutan eksponering for forskellige insekticider og pesticider.

Nøgleord: nyretransplantation, virom, urin, proteomics, biomarkører

Cistanche tubulosa forebygger nyresygdom, klik her for at få prøven

INTRODUKTION

Det menneskelige mikrobiom er blevet undersøgt grundigt i forskellige biovæsker, såsom blod (1), urin (2-4), spyt (5, 6), cerebrospinalvæske (7) og bronchoalveolær lavage (8, 9), for dets indflydelse om menneskers sundhed og sygdom (10). Adskillige rapporter om vurdering af mikrobiomer i forskellige områder af den menneskelige krop er blevet rapporteret, herunder lunger og tarm (11-15). Der er dog kun lidt kendt om urinmikrobiomet og dets ændringer i forbindelse med nyreskade efter nyretransplantation (tx) (16, 17). De fleste humane mikrobiomundersøgelser har kortlagt 16S rRNA til bakteriel profilering (18), og der er kun en lille mængde data, der undersøger urinviromet (19, 20), og en enkelt offentliggjort undersøgelse har brugt næste generations sekventering til at kortlægge virale genomiske komponenter i urinen hos nyretransplanterede patienter (19).

Dysbiose af mikrobiomet er forbundet med flere sygdomme såsom inflammatorisk tarmsygdom, tyktarmskræft, fedme og lungesygdom (21-25), men man ved kun lidt om ændringer af viromet i menneskelige kropsvæsker, såsom spyt, bronkoalveolær skylning, og urin. Det er anerkendt, at forskellige komponenter i mikrobiomet udfører essentielle funktioner, herunder biosyntese af cofaktorer og vitaminer, metabolisme af essentielle forbindelser og barrierebeskyttelse mod patogener (26-28). Lignende dysbiotiske og beskyttende funktioner kan også tilskrives urinviromet; derfor er det vigtigt at fastslå sammensætningen af ​​det humane virom i sundhed og sygdom. Til formålet med denne undersøgelse valgte vi at udføre disse undersøgelser i urin i helbred og i sammenhæng med IS-eksponering efter nyre-tx, under stabil nyrefunktion og i sammenhæng med nyre-tx-skade. Fokus for undersøgelsen var at evaluere repertoiret af vira som bestemt af de peptider, der er til stede i human urin og deres forstyrrelser efter IS-eksponering og forskellige årsager til akut, kronisk og infektiøs nyreskade.

Mikrobiomet ændrer sig over tid og korrelerer med organismens mangfoldighed. Mikrobiomanalyse kan adskilles i både strukturel analyse baseret på operationelle taksonomiske enheder baseret på sekvensfylogeni og funktionel analyse baseret på metagenomisk sekventering og proteomik (29, 30). Identificeret mikrobiota i forskellige sygdomme kan yderligere studeres ved dyrkning, funktionel metagenomik og multiplekset immunfluorescens og in situ hybridisering. NIH's humane mikrobiom-projekt har offentliggjort det humane mikrobiom på 15 kropssteder fra 300 individer (31).

BEHANDLING AF NYRESYGDOM: CISTANCHE

MATERIALER OG METODER

I alt 142 unikke prøver blev evalueret fra et biodepot indeholdende 2016 indsamlet af IRB godkendt informeret samtykke fra voksne og pædiatriske prøver fra nyre-tx-programmerne ved Stanford University og University of California San Francisco, mellem urinprøver, hvoraf 770 blev ledsaget af matchende nyre tx-boks med centraliserede patologiske histologiske aflæsninger og kompartmentsscore ved hjælp af det standardiserede Banff-skema (32) til scoring af nyre-tx ved skade (figur 1). Undersøgelsen blev godkendt af The Human Research Protection Program ved University of California, San Francisco. Urinprøverne blev fænotypebestemt baseret på den matchede nyre-bx-patologi i fem grupper: sund kontrol (HC; n=9), stabil graft (STA; n=40), akut afstødning (AR; n {{ 7}}), kronisk allograft nefropati (CAN; n=39) ​​og BK virus nefritis (BKVN; n=17). Urin blev centrifugeret 2,000 × g ved 4 grader i 20 minutter for at slippe af med urinsedimenter. Supernatanten blev ført gennem en filtermembran på 10 kDa for at fjerne native peptider fra intakte proteiner større end 10 kDa i størrelse. Det totale protein blev derefter trypsinfordøjet, og de resulterende tryptiske peptider blev analyseret ved hjælp af LC-MS-platformen (Orbitrap Velos MS). De detaljerede metoder til proteinfremstilling og analyser er rapporteret andetsteds (33).

MSGF plus tilpassede algoritme genereret af vores gruppe (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), blev brugt til at søge MS/MS spektre mod den kombinerede humane proteinsekvensdatabase og NCBI viral database. Peptider blev oprindeligt identificeret fra databasesøgning under anvendelse af følgende kriterier: MSGF spektrum E-værdi (en sandsynlighedsværdi for peptidet til MS/MS spektrum match med den lavere værdi, jo større sandsynlighed for at være et korrekt match)<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

RESULTATER

Vores gruppe har tidligere publiceret en detaljeret analyse af biologisk relevante humane proteiner i disse urinprøver indsamlet fra nyretransplanterede modtagere med forskellige transplantatskadefænotyper, som bekræftet af matchet nyretransplantationshistopatologi på biopsien, indsamlet på samme tid som urinprøven; disse data er blevet deponeret i det proteomiske MassIVE-depot (accessions MSV000079262) og i ProteomeXchange-depotet (accessions-PXD002761) (33). I denne undersøgelse fokuserede vi kun på identifikation og analyse af virale proteiner i den samme kohorte af nyretransplantationspatienter, med inklusion også af alders- og kønsmatchede sunde kontrolprøver af human urin for at evaluere virale proteiner i både helbred og nyreskade . Det er vigtigt at bemærke, at af de samlede analyserede humane og virale proteiner i urin udgør virale proteiner alene<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Resultaterne præsenteret i dette papir kommer fra viral peptidkortlægning, i modsætning til genomisk sekventering af virale komponenter som rapporteret af tidligere publikationer (19). Som en indledende analyse fokuserer vi på forekomsten af ​​urinvirusproteiner, der er specifikke for hver nyretransplantationsfænotype af STA, AR, CAN og BKVN, og variationerne noteret over det sunde kontrolurinvirom. Urinvirusproteindata for hver prøve blev evalueret for prøveoverflod i forhold til middelniveauet af det virus i hele prøvepopulationen. Vi fandt, at i gennemsnit havde 22 procent (interval 4-67 procent) af nyretransplantationspatienter forskellige virale proteiner påvist i deres urin, eksklusive patienter med BKVN, hvor påvisning af BK-virus i urinen kan forventes, da disse patienter har en infektion med BK-virus i deres urinveje og i nyretransplantationen. Fordelingen af ​​forskellige virale proteiner i forskellige tx-skadetilstande og normal sundhed er vist i prævalensvarmekortet (figur 2). Samlet set blev i alt 57 virale proteiner fra 37 unikke vira identificeret, mange af disse var uventede og tidligere ikke beskrevet som "kommensaler" i human urin. Af disse unikke vira var 8 vira enkeltstrengede RNA-vira, 1 virus var et enkeltstrenget RNA-RT-virus, og 28 vira var dobbeltstrengede DNA-vira (tabel 1). Ud af de 142 patienter havde alle patienter mindst ét ​​viralt protein i urinen med et gennemsnit på 10,23 ± 4,57 virale proteiner/prøve.

Forekomst af humane urinvirusproteiner

Den undersøgte raske kontrolgruppe havde 20 unikke virale proteiner med et gruppegennemsnit på 13,67 ± 1,32 virale proteiner. Nyre-tx-patienter med vedligeholdelses-IS og stabil nyre-tx-funktion havde et statistisk signifikant lavere antal unikke vira i gruppen (8,08 ± 2,78; p=7e-10) sammenlignet med den raske kohorte (normal nyre) funktion og et normalt immunsystem), uden nogen form for IS-eksponering. Ni nye virale proteiner påvises i stedet i STA-kohorten sammenlignet med raske kontroller, der tilhører følgende vira: Juninvirus, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow virus, Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedrovirus, Japanese virus Cowpea mottle virus og Helicoverpa zea single nucleopolyhedrovirus. Nyreskade efter tx (på trods af fortsat IS-eksponering) resulterer i en samlet stigning i antallet af unikke virale proteiner i forhold til STA tx-kohorten, med en signifikant stigning i urinvirusproteiner i CAN-patientgruppen (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10), og BKVN-patientgruppen (15,76 ± 5,65; p=13.7e-10). Repertoiret af urinvirusproteiner ser ud til at være ret forskelligt i forskellige tx-skadekategorier (figur 3). Forekomsten af ​​BKV virale proteiner i urin stiger til 60-70 procent i AR, 70-80 procent hos patienter i CAN og 100 procent hos patienter med BKVN (Figur 2), hvilket fremhæver, at stigende forekomst af BK-virus i urinen kan resultere i fra forøgelse af IS, som det ses i AR-kategorien, og med større tid post-tx, som det ses i CAN-kategorien. BKVN-urinprøver viser den maksimale divergens af urinvirusproteiner som forventet. Fire virale proteiner, der konsekvent er til stede i alle andre prøver, inklusive normale sunde kontroller (kanariefågevirus, Tacaribe-virus, Simian-virus 12, Acidianus filamentøs virus 8), observeres ikke længere i BKVN-kohorten. Da BKV er en DNA-virus, undersøgte vi, om ændringerne i urinviromet i høj grad er relateret til fremkomsten af ​​nye DNA-vira i BKVN. Fem nye virale proteiner er kun noteret i BKVN-kohorten (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, Invertebrate iriserende virus 6, Gallid herpesvirus 2). 4/5 af BKVN-kohortevira var dobbeltstrengede DNA-vira (tabel 1).

Overfloden af ​​humane urinvirusproteiner

Vi evaluerede derefter overfloden af ​​forskellige virale proteiner på tværs af alle tx-patienter og HC-urinprøver. Blandt de undersøgte 37 unikke vira var følgende vira de mest udbredte hos STA IS-patienter (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, kanariekoppevirus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes spytkirtel, Simian virus 12, Tacaribe virus), og øget forekomst af Marsellavirus ses i både CAN og BKVN. På trods af intrarenal infektion med BKV-virus hos BKVN-patienter observerer vi, at lave niveauer af BK-virus også påvises i alle undersøgte tx-kategorier og sunde kontroller, sandsynligvis da BK-virussen er normal human urin kommensal, med dens persistens i det humane uroepithelium ved lave niveauer hos næsten alle undersøgte HC- og nyre-tx-patienter er ikke uventet.

BEHANDLING AF NYRESYGDOM: CISTANCHE

DISKUSSION

En undersøgelse af mikrobiomets rolle i organtransplantation (13, 17, 34) tager højde for virkningen af ​​fødeindtagelse, fordøjelse, metabolisme og modulering; dysbiose af mikrobiota på grund af tx- og IS-lægemidler er imidlertid en medvirkende faktor, der falder i de dominerende mikrober ved baseline og også resulterer i tab af generel diversitet og fremkomsten af ​​få nye dominerende mikrobielle populationer (35). Et meget interessant fund fra denne undersøgelse er, at kun 8 ud af de 37 vira identificeret i dette datasæt tidligere er blevet beskrevet hos mennesker, og mange af disse er også blevet beskrevet som værende sygdomsfremkaldende. Humane infektioner er blevet beskrevet med nogle af de identificerede vira, hvilket tyder på, at deres tilstedeværelse i urinen kan være relateret til patogenesen af ​​generel systemisk eller underliggende nyreskade. Juninvirus (en arenavirus) infektion kan resultere i klinisk human sygdom, inklusive feber, såvel som en enhed kendt som argentinsk hæmoragisk feber (36). Tacaribe-virus er et arenavirus, der også kan forårsage feber hos mennesker og hæmoragisk sygdom (36). HHV-6 virus er en meget udbredt virus hos børn og forårsager feber, diarré og udslæt (37). Rhinovirus er enkeltstrengede RNA-vira, der er det mest smitsomme middel hos mennesker og den mest sandsynlige synder til almindelig forkølelse (38). Acanthocystis overflade chlorella virus 1 har været i 44 procent af raske mennesker (39) og er kun blevet beskrevet i oropharynx og er ikke kendt for at være sygdomsfremkaldende for mennesker. Marseille-viruset er et nukleocytoplasmatisk stort DNA-virus, der er blevet beskrevet i blod og afføring hos patienter med nonfebril lymfadenopati (40).

SV40-viruset er et DNA-polyomavirus, der sandsynligvis blev introduceret i den menneskelige befolkning gennem kontaminerede vacciner (41), og infektion med denne virus er ofte co-inficeret med BK-virusinfektion, hvilket er et næsten uafvigende fund i tx-populationen. Nylige undersøgelser har også fremhævet rollen af ​​kronisk SV40-infektion med humane kræftformer (42). Antistoffer mod T-antigenet fra SV40 krydsreagerer med T-antigenerne fra BK- og JC-virus, som alle er i polyomavirus-familien, og SV40-farven bruges til diagnosticering af BK-virusinfektion i BKVN. BK-viruseksponering i nyrerne ses hos 90 procent af den normale befolkning, og vores data tyder på, at urinviromet har spor af BK-virusproteiner i alle de raske kontroller, der blev udtaget.

BK-virusreplikation ses hos 10-60 procent af nyre-tx-patienter, som er blevet beskrevet at udskille BK-virus i deres urin, hvilket bekræftes af vores data (figur 2). BK-virus er latent i renale tubulære epitelceller, og dets forekomst er kendt for at øge immundysfunktion og immunsuppressionseksponering (43). I denne undersøgelse kunne vi ikke identificere nogen urinviromspecifikke forskelle, der kunne skelne AR- og BKVN-grupperne, på trods af at disse tilstande er immunologisk adskilte og kræver meget forskellige behandlingstilgange, dvs. minimering af immunsuppression i BKVN og øget immunsuppression i AR. AR-kategorien blev bekræftet, og der var en negativ SV40-farvning i det undersøgte kassevæv. Ikke desto mindre tyder disse data på, at påvisningen af ​​BKVN kan være underrapporteret hos nyre-tx-patienter, og histologiske ændringer kan være pletvis, hvilket resulterer i BKVN-sygdomsunderdiagnosticering.

Af de resterende 19 vira, som ikke tidligere er beskrevet hos mennesker, er følgende blevet noteret til at blive brugt som pesticider/insekticider (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconpersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea single nucleopolyhedrovirus). Pesticider til brug for folkesundheden har til formål at begrænse potentialet for sygdommen, men de har været kendt for at trænge ind i menneskeligt væv/kropsvæsker, hvis de ikke håndteres korrekt, og at økologiske kostvaner begrænser antallet af pesticider i børns urin (44, 45) . Fundet af disse virale proteiner i humane urinprøver rejser et spørgsmål om miljømæssig eksponering for disse tidligere uopdagede, mulige kontaminanter.

Fundet af 100 procent forekomst af nogle vira kun i den raske kontrolgruppe tyder på, at der er virale kommensaler, der kan eksistere enten uden skade eller endda kan antages at hjælpe med immuntilpasning. Fylogenetisk træanalyse af disse vira kan være interessant, da nogle vira såsom bakteriofager spiller en vigtig rolle i sundheden ved at fjerne patogene bakterier og hjælpe med at øge medfødt immunitet (16). En reduktion i de beskyttende vira eller fager kan resultere i øget bakteriel proliferation, som ses i sammenhæng med IS efter nyre-tx. Metagenomisk sekventering af de nye virale arter fundet i tx-patienter under IS kan identificere, om IS-eksponering har ændret resistensmønstrene eller resistomet for nogle af vira, især dem, der er mere tilbøjelige til at drive inflammation og immunitet (16). Sølv nanopartikelbehandling har vist sig at reducere tarmvirus- og bakteriepopulationer, der er pro-inflammatoriske (46). Mucinofile mikrobiomer kan være mere tilbøjelige til at give ikke-værts beskyttende immunitet, og tabet af eventuelle eosinofile vira/mikrober med IS kan også være en årsag til den øgede risiko for blærebetændelse og urinvejsinfektioner set hos patienter efter tx.

Mikrobiomet krydser sundhedstilstande og sygdomstilstande. Den nye påvisning af et stort antal vira brugt som pesticider/insekticider er et overraskende fund. Identifikation af vira, der ikke forventes at være til stede i urinen, peger på, at deres oprindelse kan trænge ind i kroppens systemer gennem indtagelse (forurening af mad, vand eller andre drikkevarer såsom mælk) eller kutan absorption (f.eks. ukorrekt håndvask). Faktisk anerkendes og accepteres en lille rest af pesticider/insekticidkontaminering af menneskeføde ifølge føderal lovgivning (41, 47), selvom ingen til dato har undersøgt deres tilstedeværelse i urin. Det er også muligt, at disse vira koloniserer eller invaderer urinvejene ved stigende infektion, især i forbindelse med IS hos en nyre-tx-patient, hvor der er nedsat værtens immunforsvar.

Yderligere validering af disse resultater ved evaluering af det humane virom-repertoire i forskellige geografiske og demografiske kohorter af patienter med forskellige årsager til nyreskade vil bedre identificere, om det særlige repertoire af virale proteiner observeret i denne undersøgelse er specifikt for en patient, deres geografi, deres demografi eller nyresygdomsundertypen. Yderligere valideringsundersøgelser med urinvirus-PCR-assays kan give hurtig vurdering af den kliniske virkning af disse vira i andre nyreskadeskohorter. Interessant nok observerede vi ingen fager i repertoiret af identificerede virale peptider. Dette tilskrives den metode, der anvendes til peptidfremstilling fra urinsupernatant, som ikke fanger bakterier (som bliver pelleteret ud), værten for fagvira (48). Viromrapporten baseret på DNA-sekvensanalyse identificerede heller ikke fager i den offentliggjorte rapport (19). Urinviromundersøgelsen, der brugte renset bakteriofagisolering ved hjælp af cæsiumchloriddensitetsgradient, har rapporteret identifikation af fager (20). Disse artikler understøtter alle, at metoden til prøveforberedelse påvirker de endelige resultater.

Kolonisering, resistens og mikrobiel økologi er blevet beskrevet og velundersøgt i forbindelse med mikrobielle infektioner (49), og det er vist, at antibiotikabehandling (i forbindelse med behandling af infektioner hos de dyr, der danner fødevarer eller som en del af antiviral profylakse til tx-patienter i de første 3-6 måneder efter tx) eliminerer mange kommensale bakterie- og virale arter fra tarmen og andre kropsvæsker og reducerer det antimikrobielle forsvar (50). Kolonisering af mikrobiota i det tidlige liv former immunsystemet og skaber et vindue af muligheder for en homøostatisk tilstand, som, hvis den forstyrres, i sammenhæng med tx og IS, kan bidrage til inflammation. Præcisionsmedicinske tilgange vil i fremtiden måske ønske at tilpasse terapi fra en "mikrobiotacentreret" og "værtscentreret" tilgang til præcisionsmedicin. Indtil for nylig har vi ikke været meget opmærksomme på fødevaremikrobiomet og forståelsen af, at mange nye infektioner kan overføres af fødevarer. Aktuelle bestræbelser på at udvikle et metagenom-tracker-værktøj, der vil evaluere virkningen af ​​forskellige infektioner - bakterielle, virale og svampe og deres fingeraftryk i sammenhæng med den mad, vi spiser, som kan være påvirket af omgivelsestemperatur, dyrekohorte dårlig overlevelsesårsag, og landbrugspraksis, inklusive jordbehandling (methylbromidbehandling af jord som et pesticid resulterer i en enorm stigning i Bacillus-arter), vandkilder [forskellige mikrobielle belastninger i dam vs. brøndvand (51)], genetik af fødevareplantekultivaren, der kan resultere i ændret planteforsvar over for mikrober, planter og pesticider (51). Virale og bakterielle lipoproteiner kan være ansvarlige for immunmodulerende egenskaber, og nyere undersøgelser tyder også på en rolle for interaktionen af ​​medfødt immunitet til regulering af mikrobiomdiversitet og kontrol af infektion, af specifikke cellelinjer såsom slimhindeinvariante T-celler (MAIT-celler). Derfor vil yderligere undersøgelser, der fokuserer på årsagen til mikrobiel mangfoldighed af menneskelige væv og dens indvirkning på inflammation og immunrespons, være altafgørende at udføre som en del af fremtidig forskning.

BEHANDLING AF NYRESYGDOM: CISTANCHE

ETISK ERKLÆRING

Alle undersøgelsesprøver blev indsamlet fra pædiatriske og unge voksne modtagere transplanteret mellem år 2000 og 2011 på Lucile Packard Children's Hospital ved Stanford University. Undersøgelsen blev godkendt af de etiske udvalg ved Stanford University Medical School og UCSF Medical Center. Alle voksne patienter og forældre/værger til ikke-voksne patienter gav skriftligt informeret samtykke til at deltage i forskningen i fuld overensstemmelse med Helsinki-erklæringen.

FORFATTERS BIDRAG

MS og TS deltog i designet af undersøgelsen; SN, TS, NM og MS deltog i skrivningen af ​​artiklen og fortolkningen af ​​resultaterne; NM udførte de statistiske analyser og evaluering af resultater; CN, KB-J og W-JQ genererede og behandlede de rå data.

FINANSIERING

Vi anerkender støtte fra University of California San Francisco. Forfatterne anerkender finansieringsstøtten fra NIDDK R01DK083447 (til MS), DP3 DK110844 (W-JQ) og P41 GM103493 (W-JQ).

BEHANDLING AF NYRESYGDOM: CISTANCHE

REFERENCE

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Det sovende blodmikrobiom i kroniske, inflammatoriske sygdomme.FEMS Microbiol Rev(2015) 39(4):567–91. doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Metagenomisk og metabolomisk analyse af de toksiske virkninger af det tri-chloracetamid-inducerede tarmmikrobiom og urinmetabolomforstyrrelser hos mus.J Proteom Res(2015) 14(4):1752–61. doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Det menneskelige urinmikrobiom; bakterielt DNA i tømt urin fra asymptomatiske voksne.Foran Celle Inficere Microbiol(2013) 3:41. doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. Integreret næste generations sekventering af 16S rDNA og metaproteomics differentierer det sunde urinmikrobiom fra asymptomatisk bakteriuri i neuropatisk blære forbundet med rygmarvsskade.J Overs Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Spytmikrobiomets profiler påvirkes minimalt af indsamlingsmetoder eller DNA-ekstraktionsprotokoller.Sci Rep(2017) 7(1):8523. doi:10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Sammenlignende analyse af menneskets spytmikrobiomdiversitet ved stregkodede pyrosequencing og kloningstilgange.Anal Biochem(2009) 391(1):64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Mikrobiomets rolle ved forstyrrelser i centralnervesystemet.Hjerne Opfør dig Immun(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH, et al. Karakterisering af mikrobiomet i bronkoalveolær skyllevæske hos patienter med lungecancer sammenlignet med godartede masselignende læsioner.Lunge Kræft(2016) 102:89-95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, et al. Brug af bronchoalveolær lavage til at vurdere det respiratoriske mikrobiom: signal i støjen.Lancet Respir Med(2013) 1(5):354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Human Microbiome Project Consortium. En ramme for forskning i menneskelig mikrobiom.Natur(2012) 486(7402):215–21. doi:10.1038/nature11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AM, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Mikrobiomet og dets implikationer i tarmtransplantation.Curr Opin Organ Transplantation(2016) 21(2):135–9. doi:10.1097/MOT.00000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M, et al. Lave urinindoxylsulfatniveauer tidligt efter transplantation afspejler et forstyrret mikrobiom og er forbundet med dårligt resultat.Blod(2015) 126(14):1723–8. doi:10.1182/blod-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Tarmmikrobiomet: en klinisk signifikant aktør inden for transplantation?Ekspert Rev Clin Immunol(2015) 11(7):781–3. doi:10.158 6/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Lungemikrobiomet efter lungetransplantation.Ekspert Rev Respir Med(2014) 8(2):221-31. doi:10.1586/17476348.20 14.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Menneskets tarmmikrobiom indtager en alternativ tilstand efter tyndtarmstransplantation.Proc Natl Acad Sci U S A(2009) 106(40):17187-92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al. Urinmikrobiom hos nyretransplanterede patienter afslører dysbiose med potentiale for antibiotikaresistens.Overs Res(2017) 181:59–70. doi:10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Song Y, Bromberg JS. Karakterisering af menneskelig mikrobiota i løbet af nyretransplantation.Er J Transplantation(2014) 14(2):416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E, et al. Tarmmikrobielle samfundsstruktur og komplikationer efter nyretransplantation: en pilotundersøgelse.Transplantation(2014) 98(7):697-705. doi:10.1097/ TP.00000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC, et al. Et forskelligartet virom hos nyretransplanterede patienter indeholder flere virale undertyper med forskellige polymorfismer.Sci Rep(2016) 6:33327. doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Det humane urinvirom er forbundet med urinvejsinfektioner.Foran Microbiol(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014