SARS-CoV-2 Infection And Vaccine Effectiveness in England (REACT-1): En række tværsnitlige tilfældige samfundsundersøgelser

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Marc Chateau-Hyam, Haowei Wang*, Oliver Eales*, David Haw*, Barbara Bodinier*, Matthew Whitaker, Caroline E Walters, Kylie EC Ainslie, Christina Atchison, Claudio Fronterre, Peter J Diggle, Andrew J Page, Alexander J Trotter, Deborah Ashby, Wendy Barclay, Graham Taylor, Graham Cooke, Helen Ward, Ara Darzi, Steven Riley, Christl A Donnelly†, Paul Elliott†, i samarbejde med COVID-19 Genomics UK-konsortiet

Resumé

Baggrund: England har oplevet en tredje bølge af COVID{0}}-epidemien siden slutningen af ​​2. maj{{40}}21, hvilket falder sammen med den hurtige spredning af deltaet (B. 1.617.2) variant, på trods af høje niveauer af vaccination blandt voksne. Vaccinationsraten (enkeltdosis) i England er lavere blandt børn i alderen 16-17 år og 12-15 år, hvis vaccination i England startede i henholdsvis august og 2. september021. Vi havde til formål at analysere de underliggende dynamiske drivmønstre i SARS-CoV-2-prævalensen i løbet af den 2. september021 i England. Metoder: Real-time Assessment of Community Transmission-1 (REACT-1) undersøgelsen, som påbegyndte dataindsamling i maj 202{{10{{128} }}}, involverer en række tilfældige tværsnitsundersøgelser i den generelle befolkning i England i alderen 5 år og ældre. Ved at bruge RT-PCR-podningspositivitetsdata fra {{20}} deltagere med gyldige svælg- og næsepodninger i runde 14 af REACT-1 (9.-27. september, 2.021), vi estimerede fællesskabsbaseret prævalens af SARS-CoV-2 og vaccineeffektivitet mod infektion ved at kombinere runde 14-data med data fra runde 13 (24. juni til 12. juli, 2.021; n{{34} }). Resultater: I løbet af 2. september021 estimerede vi en gennemsnitlig RT-PCR-positivitetsrate på 0·83 procent (95 procent CrI 0·76–0·89), med et reproduktionstal (R) samlet på 1,03 (95 procent CrI 0,94–1,14). Blandt de 475 (62,2 procent) af 764 sekventerede positive podninger var alle af delta-varianten; 22 (4·63 procent; 95 procent CI 3·07–6·91) inkluderede Tyr145His-mutationen i spidsproteinet forbundet med AY.4-sublineagen, og der var en Glu484Lys-mutation. Alder, region, nøglemedarbejderstatus og husstandsstørrelse bidrog tilsammen til risikoen for podningspositivitet. Den højest vægtede prævalens blev observeret blandt børn i alderen 5-12 år med 2,32 procent (95 procent CrI 1,96-2,73) og børn i alderen 13-17 år på 2,55 procent (2,11-3) ·08). SARS-CoV-2-epidemien voksede hos dem i alderen 5-11 år med en R på 1·42 (95 procent CrI 1·18-1·68), men faldt hos dem i alderen 18-54 år, med en R på 0,81 (0,68-0,97). I alderen 18-64 år var den justerede vaccineeffektivitet mod infektion 62,8 procent (95 procent CI 49,3-72,7) efter to doser sammenlignet med uvaccinerede personer, for alle vacciner kombineret, 44,8 procent (22 ·5–60·7) for ChAdOx1 n Cov-19 (Oxford–AstraZeneca)-vaccinen og 71·3 procent (56·6–81·0) for BNT162b2 (Pfizer–BioNTech)-vaccinen. Hos personer i alderen 18 år og ældre var den vægtede prævalens af podningspositivitet 0,35 procent (95 procent CrI 0,31–0,40), hvis den anden dosis blev administreret op til 3 måneder før deres podning, men 0,55 procent ( 0,50-0,61) for dem, der fik deres anden dosis 3-6 måneder før deres podning, sammenlignet med 1,76 procent (1,60-1,95) blandt uvaccinerede personer.Fortolkning:I september 2021, ved starten af ​​efterårets skoletermin i England, steg infektionerne eksponentielt hos børn i alderen 5-17 år, på et tidspunkt, hvor vaccinationsraterne var lave i denne aldersgruppe. Hos voksne, sammenlignet med dem, der fik deres anden dosis for mindre end 3 måneder siden, tyder den højere forekomst af podningspositivitet 3-6 måneder efter to doser af COVID-19-vaccinen en øget risiko for gennembrudsinfektioner i denne periode . Vaccinationsprogrammet skal nå ud til børn såvel som uvaccinerede og delvist vaccinerede voksne for at reducere SARS-CoV-2-overførsel og tilhørende forstyrrelser i arbejde og uddannelse. Finansiering Department of Health and Social Care, England.

cistanche sundhedsmæssige fordele: forbedre immunitet

Introduktion

Storbritannien har oplevet en af ​​de højeste SARS-CoV-2-infektioner og COVID-19-dødsfaldsrater i Europa siden pandemiens begyndelse. Men Storbritannien var også et af de første lande, der implementerede et nationalt vaccinationsprogram, der startede i december 2020, med udrulning til befolkningen, der oprindeligt var rettet mod de mest udsatte, herunder ældre mennesker (startende med dem på over eller lig med 80 år) år), sundheds- og socialarbejdere og personer med specificerede helbredsforhold.1

Den hurtige spredning af deltavarianten (B.1.617.2) i England fra maj 2021 faldt sammen med den tredje bølge af infektioner2, og forekomsten af ​​infektioner forblev høj ind i sommeren og derefter. I løbet af august 2021 steg forekomsten af ​​RT-PCR-bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2-infektion i det nationale testprogram i England (søjle 2) gradvist med mere end 10 procent samlet set.

I september 2021 blev udrulningen af ​​det nationale vaccinationsprogram mod COVID-19 i England udvidet til at tilbyde en booster (tredje) dosis, mindst 6 måneder efter den anden dosis, til sundheds- og socialarbejdere, alle ældre end 50 år, og yngre mennesker i fare. Denne udvidelse omfattede også vaccination af ældre børn i skolealderen (i alderen større end eller lig med 12 år), som oprindeligt blev tilbudt en enkelt vaccinedosis i hele Storbritannien. Men i midten af ​​september 2021 faldt antallet af personer, der fik de første vaccinationsdoser, til det laveste niveau (lige under 21000 doser pr. dag i gennemsnit i Storbritannien) siden mindst midten af ​​januar 2021 (de tidligste data, der er offentligt tilgængelige) . Ikke desto mindre havde næsten 90 procent af personer i alderen 18 år og ældre i England pr. 26. september 2021 fået deres første dosis, mere end 83 procent havde fået deres anden dosis, og 13 procent havde fået en tredje vaccinedosis. Blandt børn i alderen 12-17 år havde 8,9 procent fået en enkelt dosis. Cirka 53 procent af voksne blev vaccineret med ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca)-vaccinen og 47 procent med BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) eller mRNA-1273 (Moderna)-vaccinen;3 alle vaccinerede børn i alderen 12-17 år modtog en dosis af BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) eller mRNA-1273 (Moderna)-vaccinen.

I begyndelsen af ​​september 2021 vendte børn i alderen 5-17 år i England tilbage til skolen, og Department for Education anbefalede ikke længere, at det var nødvendigt at holde børn i inkonsekvente grupper (omtalt som sociale bobler). Desuden forventedes skolerne ikke længere at foretage kontaktopsporing, med tætte kontakter i skoler, der nu er identificeret af det nationale kontaktopsporingsprogram (the UK National Health Service [NHS] Test and Trace service).4 I løbet af denne første måned, hvor børn vender tilbage til skolen. , faldt forekomsten af ​​bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde i England registreret gennem søjle 2 til et lavpunkt i midten af ​​september 2021 og steg derefter igen, men var generelt relativt stabil. Dette står i skarp kontrast til situationen i Skotland, hvor forekomsten af ​​bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde steg med mere end 450 procent i løbet af august, på et tidspunkt, hvor børn i skolealderen (5-17 år) i Skotland vendte tilbage til skolen.5 Sådanne tendenser på nationalt niveau (og mere lokale) er meget afhængige af konteksten, herunder den lokale udbredelse og dynamikken i transmissionen af ​​deltavarianten, tilbagevenden til skolen, ændringer i sociale blandingsmønstre, hjemme versus kontorarbejde og niveauer af vaccine-induceret og naturligt erhvervet immunitet.

Her beskriver vi de underliggende dynamiske drivmønstre i SARS-CoV-2-prævalens i september 2021 i England ved at analysere RT-PCR-podningspositivitet fra den fjortende runde af dataindsamling af Real-time Assessment of Community Transmission{{ 5}} (REACT-1) undersøgelse.6,7 I denne runde blev svælg- og næsepodninger opnået fra en tilfældig prøve af befolkningen i England fra 9. september til 27. september 2021. Vi kombinerede også runde 14-data med data fra runde 13, hvor podninger blev indhentet fra 24. juni til 12. juli 2021.

cistanche ekstrakt pulver

Metoder

Studiepopulation

REACT-1-undersøgelsesmetoderne er blevet rapporteret andre steder.7 Kort fortalt: med dataindsamling, der startede den 1. maj 2020, inviterede vi tilfældige tværsnitsudvalg af befolkningen i England (alder over eller lig med 5 år) ind i undersøgelsen ). Data blev indhentet månedligt over en periode på 2-3 uger bortset fra december 2020 og august 2021, hvor der ikke blev foretaget nogen undersøgelse. Ved hver runde af dataindsamling blev navngivne personer fra NHS-listen over patienter registreret hos en praktiserende læge i England inviteret til at deltage i undersøgelsen, baseret på lister indhentet fra NHS Digital.

Fra den 1. maj 2020 (start af runde 1) til den 3. maj 2021 (slutningen af ​​runde 11) sigtede vi efter et omtrent lige antal deltagere i hver af de 315 lavere niveau lokale myndigheder i England (som kombinerer Isles of Scilly) med Cornwall og City of London med Westminster), men fra runde 12 (20. maj til 7. juni 2021) og fremefter ændrede vi prøveudtagningsproceduren for at opnå en tilfældig stikprøve i forhold til befolkningen på det lavere niveau af lokale myndigheder. Dette øgede prøveudtagningen i indre byområder med højere befolkningstæthed, selvom prævalensrapportering var upåvirket, da vi vægtede dataene ved hver runde til at være repræsentative for England som helhed (beskrevet nedenfor).

RT-PCR-test og vaccinationsdata

Deltagerne gav en selvadministreret svælg- og næsepodning (eller en forælder eller værge fik en podning til børn i alderen 5-12 år) efter skriftlige instruktioner og videoinstruktioner. Podninger blev sendt til et centralt laboratorium til analyse ved RT-PCR. Ekstraheret nukleinsyre blev analyseret for tilstedeværelse eller fravær af SARS-CoV-2 med ViroBOAR 1·0 RT-qPCR-kittet (Eurofins Genomics, GmbH, Ebersberg, Tyskland) for SARS-CoV{{10 }} på Roche Lightcycler 480 II for parallelt at påvise to genmål: N-genet og E-genet. Analysen har en specificitet tæt på 100 procent og en detektionsgrænse på ti kopier pr. mikroliter. Prøver blev betragtet som positive, enten hvis de to genmål (N-genet og E-genet) blev påvist, eller hvis N-genet blev påvist med en cyklustærskelværdi (Ct) mindre end 37.

Til runde 14 ændrede vi måden, som podningsprøverne blev håndteret på. Fra runde 1 (startende 1. maj 2020) til runde 13 (sluttende 12. juli 2021) brugte vi tørre podninger sendt afkølet til laboratoriet med kurer til RT-PCR-test. I runde 14 gik vi over til våde podninger i saltvandsopløsning, som derefter blev tildelt tilfældigt på 1:1-basis til enten at blive sendt med kurer (n=46 705 gyldige podninger returneret) eller med posten (n{{12} }).

Som en del af REACT-1-undersøgelsen indhentede vi data om alder, køn, adresse og boligpostnummer fra NHS-registret med yderligere oplysninger om demografi, sundhed (herunder selvrapporteret vaccinationsstatus) og livsstil afledt af et online eller telefonisk spørgeskema. Deltagerne blev bedt om samtykke til kobling til deres NHS-registre, herunder data fra COVID-19-immuniseringsprogrammet. Vaccinationsstatus fra datakobling blev afledt med den antagelse, at én dosis kun ville være effektiv fra 14 dage eller mere efter injektion. Uvaccinerede personer blev derfor defineret som dem, der ikke havde modtaget nogen vaccinedosis eller modtaget én dosis mindre end 14 dage før podning; enkeltdosisvaccinerede personer blev defineret som dem, der fik én dosis 14 dage eller mere før podning og enten ingen anden dosis eller en anden dosis mindre end 14 dage før podning, og personer, der havde modtaget to vaccinedoser, blev defineret som dem, der havde fået deres anden dosis 14 dage eller mere før podning.

Viral genomsekventering

Efter RT-PCR-testning blev positive prøver med N-gen Ct-værdier mindre end 34 og med tilstrækkeligt materiale frosset og sendt til viral genomsekventering på Quadram Institute, Norwich, UK. ARTIC SARS-CoV-2-sekventeringsprotokollen8 blev brugt til amplifikation af viralt RNA, og CoronaHiT-platformen blev brugt til fremstilling af sekventeringsbiblioteker.9 Den bioinformatiske ARTIC-pipeline10 blev brugt til analyse af sekventeringsdata, og afstamninger blev tildelt med PangoLEARN.11

Statistiske analyser

Statistiske analyser blev udført i R-software (R version 4.0.5 (31/03/2021, Shake and Throw). Vi beregnede uvægtet SARS-CoV-2-prævalens efter sociodemografiske, erhvervsmæssige og andre grupper ved at dividere antallet af podningspositivitet (fra RT-PCR) med antallet af returnerede gyldige podninger. Vi brugte kantvægtning12 for at opnå prævalens vægtet til at være repræsentativ for befolkningen i England som helhed.

Vi brugte en eksponentiel model for vækst eller henfald til at analysere tendenser i podningspositivitet over tid. Vi antog, at antallet af positive prøver (fra det samlede antal prøver) hver dag opstod fra en binomial fordeling baseret på dagen for podning eller, hvis den ikke er tilgængelig, dagen for prøveindsamling (kurer) eller første scanning af prøven af Posthus, hvis det sendes med posten. Vi estimerede posteriore troværdige intervaller (CrIs) ved hjælp af en bivariat No-U-Turn Sampler under forudsætning af ensartede tidligere fordelinger på sandsynligheden for podepindspositivitet på dag nul og væksthastigheden.13 Vi estimerede reproduktionstallet (R) under forudsætning af, at generationstiden var gammafordelt med formparameter n=2·29 og rateparameter =0·36 (svarende til en gennemsnitlig generationstid på 6·29 dage).14

Vi tilpasser en Bayesiansk penalized-spline (P-spline) model16 til de daglige data ved hjælp af data fra alle runder af REACT-1. Estimering af den daglige prævalens af podepindspositivitet brugte en No-U-Turn Sampler i logit-rum, hvor dataene blev segmenteret i ca. 5-dagesektioner med regelmæssigt fordelte knob (hvilket giver en passende balance mellem tidsopløsning og beregningsgennemførlighed). og yderligere knob inkluderet ud over undersøgelsesperioden for at minimere kanteffekter. Vi tilpassede også P-splines til REACT-1-dataene stratificeret efter alder som ovenfor, hvor en P-spline blev tilpasset separat til hver aldersgruppe, men udjævningsparameteren, ρ, blev antaget at være den bedst opnåede tilpasningsværdi for modellen passer til alle data. For klarhedens skyld, selvom estimaterne er baseret på det fulde REACT-1-datasæt, rapporterer vi her kun estimater for indsamlingsdage af runde 14.

Vi estimerede vaccinens effektivitet mod SARS-CoV-2-infektion ved at kombinere data fra runde 13 og 14 for at øge den statistiske styrke. Vi estimerede vaccineeffektivitet som 1-odds ratio (OR), hvor OR blev opnået fra en logistisk regressionsmodel af risikoen for podningspositivitet hos dobbeltvaccinerede (dvs. dem med to doser, med den anden dosis administreret i mere end 14 dage før podning) og uvaccinerede individer, med justering for rund, derefter yderligere for alder og køn, og yderligere justering for et indeks for multipel deprivationskvintil og etnicitet. Vi opnåede forskningsetisk godkendelse fra South Central-Berkshire B Research Ethics Committee (Integrated Research Application System [IRAS] ID: 283787).

cistanche ekstrakt fordele

Resultater

Fra 822176 personer, der var inviteret til at deltage i runde 14, blev 147393 (17,9 procent) registreret, og 100527 (12,2 procent) leverede en vatpind med et gyldigt RT-PCR-resultat, hvor 87966 (87,5 procent) gav samtykke til datakobling . I runde 13 var 841227 deltagere inviteret; 147332 registrerede, og 98233 (66,7 procent) af dem leverede en podepind med et gyldigt RT-PCR-resultat. Pooling af forbundne data fra begge runder resulterede i 172862 deltagere, inklusive 102142 (49923 i runde 13 og 52219 i runde 14) i alderen 18-64 år, som var inkluderet i vores vaccineeffektivitetsanalyser (bilag s. 7). En beskrivelse af karakteristikaene for REACT-1-deltagere fra runde 13 og runde 14 viste, at de, der gik med til datalinkning, var mere tilbøjelige til at være mænd i alderen 45 år eller ældre, der ikke bor i London, White, fra en single- person i husstanden og at have oplevet COVID-19-relaterede symptomer. De fleste af disse forskelle var relativt små (bilag s. 2). Prævalensen var lidt højere og Ct-værdierne for positive prøver lidt lavere i podninger indsamlet med kurer end i dem, der blev sendt med posten (bilag s. 3, 8).

Af de 100527 gyldige podninger i runde 14 var 764 positive, hvilket gav en prævalens på 0·83 procent (95 procent CrI 0·76–{{ 57}}·89) vægtet til at være repræsentativ for befolkningen i England (bilag s. 4). Den højest vægtede prævalens i løbet af 2. september021 blev observeret hos teenagere i alderen 13-17 år med 2,55 procent (95 procent CrI 2·11-3·08) og hos børn i alderen 5-12 år, på 2·32 procent (1·96-2·73; tabel 1, bilag s 9). P-spline for runde 14, tilpasset til data fra alle REACT-1-runder, var tegn på en stabil eller stigende tendens i prævalensen af ​​podningspositivitet (figur 1A), med R estimeret til 1·{{68} }3 (95 procent CrI 0·94–1·14) på ​​tværs af alle aldre kombineret (tabel 2). De tilpassede P-splines indikerede stigende prævalens i alderen 5-11 år og faldende prævalens i alderen 18-54 år (figur 1B), med en større end 99 procent posterior sandsynlighed for, at vækstraten var forskellig mellem disse to grupper. Den tilsvarende R var 1·42 (95 procent CrI 1·18-1·68), med en større end 0·99 posterior sandsynlighed for, at R var større end 1 i alderen 5-11 år; R var 0·95 (0·76–1·16), med en posterior sandsynlighed på 0·32 for, at R var større end 1 hos dem i alderen 12–17 år; og R var 0,81 (0,68-0,97), med en posterior sandsynlighed på 0,01 for, at R var større end 1 hos dem i alderen 18-54 år (tabel 2).

Weighted prevalence also varied by region (table 1; appendix p 9), ranging from 0·57% (95% CrI 0·45–0·72) in the South East to 1·25% (1·00–1·57) in Yorkshire and The Humber. Within round 14, there was evidence of epidemic growth (with a posterior probability greater than 0·99 that R>1) i London, med en R på 1,59 (95 procent CrI 1·23–1,99), og i East Midlands med en R på 1,36 (1,05-1,73; tabel 2) .

Vi fandt en højere vægtet prævalens af podningspositivitet blandt deltagere af sort etnicitet, på 1·41 procent (95 procent CrI 0·91–2·19), sammenlignet med den for hvide deltagere, ved 0 ·78 procent (0·72–0·85; tabel 1). Deltagere, der bor i større husstande, havde en højere vægtet prævalens end dem i mindre husholdninger, varierende fra 0·33 procent (95 procent CrI 0·25–0·44) for enlige husstande til 1,75 procent (1,24–2,46) for husstande med seks eller flere personer (tabel 1). Prævalensen var også højere i husstande med et eller flere børn med 1·37 procent (95 procent CrI 1·22–1·52), sammenlignet med 0·40 procent ({{4{ {49}}}}·35–0·46) for husstande uden børn; og vægtet prævalens var 7·35 procent (6·50-8·31) blandt dem, der rapporterede at være i kontakt med et bekræftet COVID-19-tilfælde sammenlignet med 0,43 procent (0·38 –0·49) blandt dem uden sådan kontakt (tabel 1).

Ved at bruge selvrapporteret vaccinationsstatus fandt vi en højere prævalens hos uvaccinerede deltagere (alle aldre), på 1,73 procent (95 procent CrI 1,42–2,12), sammenlignet med dem, der rapporterede to vaccinedoser, ved {{8 }}·56 procent ({{10}}·50–0·62; tabel 1).

I multivariabel logistisk regressionsanalyse havde andre nøglearbejdere end sundhedspersonale og plejehjemsarbejdere en øget risiko for podepindspositivitet sammenlignet med andre arbejdere (OR 1,35 [95 procent CI 1,10-1,66]; tabel 3) . Podepindepositiviteten var også højere med stigende husstandsstørrelse (gensidigt justeret OR 1,77 [95 procent CI 1,44–2,17] for husstande på tre til fem personer og 2,37 [1,62-3,47] for husstande på seks eller flere personer), sammenlignet med husstande med en eller to personer.

Vi samlede de tilknyttede vaccinedata fra runde 13 og 14 (172862 deltagere i alt, 19325 i alderen<18 years,="" 102142="" aged="" 18–64="" years,="" and="" 51395="" aged="" ≥65="" years).="" because="" of="" the="" relatively="" small="" numbers="" of="" individuals="" vaccinated="" below="" the="" age="" of="" 18="" years,="" corresponding="" participants="" (n="19325)" were="" excluded="" from="" our="" vaccine="" effectiveness="" analyses.="" weighted="" prevalence="" was="" higher="" for="" those="" who="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" than="" for="" those="" whose="" second="" dose="" was="" up="" to="" 3="" months="" before="" their="" swab="" (0·55%="" [95%="" cri="" 0·50–0·61]="" vs="" 0·35%="" [0·31–0·40];="" figure="" 2a;="" appendix="" p="" 5).="" the="" weighted="" prevalence="" for="" individuals="" whose="" second="" dose="" was="" administered="" more="" than="" 6="" months="" before="" their="" swab="" was="" similar="" to="" that="" of="" those="" vaccinated="" within="" 3–6="" months="" of="" their="" swab,="" at="" 0·52%="" (95%="" cri="" 0·33–0·78),="" but="" with="" a="" wider="" credible="" interval.="" the="" age="" distribution="" of="" participants="" by="" vaccination="" status="" indicated,="" as="" expected="" from="" the="" age-based="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" aged="" 35="" years="" and="" older="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses="" compared="" to="" those="" who="" had="" received="" a="" single="" dose,="" or="" those="" who="" were="" unvaccinated="" (appendix="" p="" 5).="" nevertheless,="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses,="" we="" observed="" similar="" age="" distributions="" in="" people="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" or="" more="" than="" 6="" months="" before="" swabbing.="" regardless,="" in="" individuals="" aged="" 18="" years="" and="" older="" with="" linked="" data="" on="" vaccination="" status,="" the="" weighted="" prevalence="" in="" unvaccinated="" people,="" at="" 1·76%="" (95%="" cri="" 1·60–1·95),="" was="" three="" to="" five="" times="" higher="" than="" in="" double-vaccinated="" individuals,="" at="" 0·47%="" (0·43–0·51).="" reflecting="" the="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" who="" were="" unvaccinated="" or="" who="" had="" a="" single="" dose="" of="" the="" vaccine="" were="" younger="" (≤54="" years)="" than="" those="" with="" two="" doses="" (figure="" 2b;="" appendix="" p="" 5).="" however,="" in="" double-vaccinated="" participants,="" there="" was="" an="" apparent="" trend="" of="" increasing="" weighted="" prevalence="" in="" each="" age="" group="" for="" those="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" compared="" to="" those="" who="" were="" vaccinated="" up="" to="" 3="" months="" before="" (figure="">

Vaccineeffektivitetsestimater blev udledt med det forbundne datasæt for runde 13 og 14 kombineret kun for personer i alderen 18-64 år, da få mennesker ældre end 65 år var uvaccinerede (1,1 procent), og som nævnt kun få personer yngre end 18 år. år blev vaccineret (6,3 procent i runde 13 og 14 tilsammen). For alle personer i alderen 18-64 år og alle vacciner kombineret var vaccineeffektiviteten mod infektion 66,3 procent (95 procent CI 55,3-74,7), med justering for rund, og 62,8 procent (49,3- 72·7) i den fuldt justerede model. Fuldt justerede estimater for vaccineeffektivitetspunkter for BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) og mRNA-1273 (Moderna)-vaccinerne var sammenlignelige (71,3 procent mod 75,1 procent, med et meget bredere konfidensinterval for mRNA'et{{34 }} [Moderna]-vaccine på grund af et mindre antal observationer) og højere end det estimerede for ChAdOx1 nCov-19 (Oxford-AstraZeneca)-vaccinen (44·8 procent). Forskelle i estimater for vaccineeffektivitet efter vaccinetype nåede imidlertid ikke statistisk signifikans på et 0·05 signifikansniveau. Inkluderingen af ​​et interaktionsudtryk for vaccine efter runde antydede ikke, at virkninger blev ændret på tværs af runde 13 og 14 (data ikke vist). Vaccineeffektivitetsestimater i modeller begrænset til symptomatiske tilfælde svarede til dem fra modeller, der også inkluderede asymptomatiske tilfælde (tabel 4).

Slægter fra de 475 (62,2 procent) prøver sekventeret blandt de 764 positive podninger var alle delta-varianter eller underafstamninger af deltaet. AY.4 var den mest påviste underafstamning, der repræsenterede 61·5 procent (95 procent CI 57·0-65·7) af de sekventerede prøver, og der var syv prøver med enkelte spidsmutationer af interesse som defineret af Public Health England (nu det britiske sundhedssikkerhedsagentur): Glu484Lys, Asn501Tyr, Phe490Ser, Arg246Gly, Val483Phe, Pro251Leu og Gln613His (appendiks s. 6). Vi identificerede 22 prøver (otte med B.1.617.2-linjen og 14 AY.4-linjen) inklusive Tyr145His-mutationen i spikeproteinet, associeret med AY.4.2 delta-sublineagen, svarende til 4,63 procent (95 procent CI) 3·07–6·91) af alle fastlagte slægter.

forbedre immunitet cistanche kapsler

Diskussion

I denne fjortende runde af REACT-1-undersøgelsen fandt vi både høj og stigende forekomst af SARS-CoV-2-podningspositivitet blandt skolebørn i England i september 2021, hvilket afspejler øget social sammenblanding af børn som de gik i skole i efterårssemesteret. Samtidig fandt vi faldende prævalens blandt unge til midaldrende voksne (18-54 år). Denne observation kan afspejle effekten af ​​tidligere naturlig infektion, især blandt yngre voksne, hvor infektionsraten har været høj,17 og den fortsatte udrulning af vaccinationsprogrammet i England. Fra april 2021 blev det nationale COVID{10}}-vaccinationsprogram udvidet til at omfatte voksne under 50 år,18 en enkelt vaccinedosis til ældre teenagere (i alderen 16-17 år) fra august 2021 og en enkelt dosis til børn i alderen 12-15 år fra midten af ​​september 2021.

Fra midten til slutningen af ​​december 2021 tilbydes alle børn i alderen 12 år og ældre en anden vaccinedosis, og en tredje (booster) dosis bliver rullet ud til den voksne befolkning på 18 år og ældre. Som i vores tidligere rapport19 (runde 13) fandt vi ud af, at alle sekventerede podninger var af deltavarianten og dens sublineages, hvilket indikerer næsten fuldstændig udskiftning af alfa og andre varianter med delta i England på det tidspunkt. Vi opdagede en potentiel undslippe-Glu484Lys-mutation, som udmønter sig i anslået 984 sådanne infektioner i England med en lavere 95 procents konfidensgrænse på 159. Samlet set var der syv prøver med enkelte spidsmutationer af interesse, som defineret af Public Health England. Yderligere 22 prøver inkluderede Tyr145His-mutationen i spikeproteinet forbundet med AY.4.2-sublineagen.

Den tilsvarende AY.4-andel på 4,63 procent (95 procent CI 3,07–6,91) på tværs af alle slægter er på linje med de 6 procent af tilfældene rapporteret af Public Health England i ugen, der begynder den 27. september 2021.20 Vaccination har har vist sig at være yderst effektiv mod alvorlige komplikationer af COVID-19, herunder hospitalsindlæggelser og dødsfald, men der er mindre klarhed med hensyn til beskyttelse mod infektion. Selvom estimater af vaccineeffektivitet mod infektion på op til 90 procent er blevet rapporteret, baseret på rutinetest af symptomatiske individer21, rapporterer vi her et skøn over vaccineeffektivitet mod infektion på 63 procent fra REACT-1 runde 13 og 14, da deltavarianten dominerede.

Dette fund svarer til det, der blev rapporteret i de tilknyttede data for runde 13 alene19, men ved at kombinere data fra både runde 13 og 14 var vi også i stand til at estimere vaccineeffektiviteten for ChAdOx1 nCov-19 (Oxford– AstraZeneca) og BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) vacciner separat. Selvom konfidensintervallerne overlapper hinanden, tyder vores resultater på højere effektivitet mod infektion med BNT162b2 (Pfizer-BioNTech)-vaccinen end med ChAdOx1 nCov-19 (Oxford-AstraZeneca)-vaccinen. Større forskelle mellem vacciner blev rapporteret i en tidligere undersøgelse22 og af Public Health England (nu UK Health Security Agency [UK HSA]) baseret på rutinetestning af symptomatiske tilfælde.23 Ikke desto mindre skal det bemærkes, at vaccinens effektivitet er specifik for befolkningen og tid, så disse estimater afspejler vaccinernes ydeevne i England i en bestemt tidsperiode (dvs. juni-september 2021). Siden da var omicron-varianten (B.1.1.529) blevet dominerende i England i december 2021, hvor undersøgelser fra UK HSA indikerede lavere vaccineeffektivitet mod symptomatisk infektion for omicron sammenlignet med delta.24

Vores undersøgelse viser, at prævalensen af ​​podepindspositivitet blandt uvaccinerede personer (inklusive alle børn i alderen 5-11 år) eller personer, der modtog én vaccinedosis (inklusive børn i alderen 12-17 år) var tre til fire gange højere end hos dobbeltvaccinerede personer. , men tyder også på, at prævalensen af ​​podningspositivitet, der indikerer gennembrudsinfektioner efter to-dosis vaccination, kan stige efter 3-6 måneder. Derudover fandt vi ud af, at personer, der bor i større husholdninger, og personer, der bor i husstande med børn, havde en højere andel af podningspositivitet end dem i mindre husstande eller dem uden børn i husstanden. Fundet af de højeste vægtede prævalensniveauer i podningspositivitet under runde 14 hos børn i alderen 5-11 år og 12-17 år vækker bekymring for klinisk ekstremt sårbare børn såvel som klinisk ekstremt sårbare nære kontakter, herunder husstandsmedlemmer og skolepersonale.

Fra udgangen af ​​december 2021 vil klinisk sårbare børn i alderen 5-11 år blive tilbudt to doser vaccine. Der er også bekymringer om virkningerne på uddannelsen for det store antal børn, der skal være ude af skolen, når de testes positiv som følge af de høje forekomster af SARS-CoV-2-infektion. Konstateringen af, at prævalensen var mere end tre gange større for personer i husstande med et eller flere børn end hos personer i husstande uden børn, tyder på, at infektioner hos børn, ikke overraskende, spredte sig til andre aldersgrupper. Højere virale belastninger forbundet med deltavarianten hos yngre individer sammenlignet med tidligere varianter 25-27 kan også øge transmissionseffektiviteten hos børn og derfor bidrage til højere infektioner i husstanden. Fra den 27. september 2021 var kun 1214 (6,3 procent) børn i alderen 12-17 år blevet vaccineret i REACT-1-undersøgelsen, hvilket således ikke tillader en meningsfuld udvidelse af vores vaccineeffektivitetsanalyser til den aldersgruppe i runde 14.

Yderligere undersøgelser af vaccineeffektivitet er berettiget i betragtning af den hurtige stigning i omicron-infektioner i England, der begynder i december 2021, og udrulningen af ​​dobbeltdosisvaccinationer til skolebørn i alderen 12-15 år, boosterdoser i alderen 16-17 år og til voksne i alderen 18 år og ældre. Derudover muliggør samfundsbaserede undersøgelser såsom REACT-1 estimering af vaccinens effektivitet mod infektion blandt dem med asymptomatiske såvel som symptomatiske infektioner. Selvom der efter vaccinationskampagnen har været en relativ afkobling mellem SARS-CoV-2-infektioner og hospitalsindlæggelser og dødsfald i England, er der fortsat bekymringer om potentialet for høje infektionsrater og ufuldstændig befolkningsimmunitet, der kan resultere i en øget risiko for alvorlige komplikationer fra COVID-19. England påbegyndte i lighed med resten af ​​Storbritannien og flere andre lande (især Israel28) en kampagne for at udrulle tredje (booster) doser – fra oktober 2021 i England. Dette indebar i første omgang prioritering af voksne i alderen 50 år og ældre, sundheds- og socialrådgivere og yngre mennesker i risikogruppen, men udrulningen blev efterfølgende udvidet til alle voksne i alderen 18 år og ældre fra slutningen af ​​december 2021.29 Løbende overvågning af epidemi i England og andre steder vil være vigtig for at måle, i hvilket omfang boosterdoser hos voksne og vaccination hos børn begrænser overførslen af ​​nye SARS-CoV-2-varianter, som giver anledning til bekymring, såsom omicron-varianten.

Vores undersøgelse har begrænsninger. Siden REACT-1-undersøgelsen begyndte dataindsamlingen i maj 2020, har vi observeret en gradvis reduktion i svarprocenten fra 30,5 procent i runde 1 til 11,7 procent i runde 13. Men i runde 14 var svaret sats steg lidt til 12·2 procent. Denne stigning, om end lille, er opmuntrende. Det kan være, at yderligere ændringer i undersøgelsen kan øge deltagelsen yderligere. Ændringen til at bruge våde podninger i saltvandsopløsning og indsamling af prøver uden kølekæden (med post eller kurer) kan have påvirket den diagnostiske følsomhed. Vi blev beroliget af de begrænsede forskelle mellem prøverne indsamlet med post og kurer.

Men fordi det nøjagtige system, der blev brugt i tidligere runder (tørre podninger og en vedvarende kølekæde) ikke blev sammenlignet inden for omkring, kunne vi ikke estimere virkningen af ​​den nye tilgang sammenlignet med den, der blev brugt i tidligere runder. En yderligere begrænsning er, at vi ikke har nøjagtige data om vaccinationsstatus for alle deltagere. Selvom samtykke til datalinkning var på et højt niveau (87·5 procent i runde 14), var det ikke alle deltagere, der gav samtykke til at linke til deres NHS-registreringer, som omfatter data fra COVID-19-immuniseringsprogrammet. For dem, hvis data ikke er forbundet, mangler data om datoerne for vaccination og vaccinetype enten eller er mindre pålidelige end i de tilknyttede data; derfor baserede vi vores estimater af vaccinens effektivitet på undergruppen af ​​deltagere med tilknyttede optegnelser. Denne tilgang kan have introduceret en skævhed i det omfang, at de, der gør og ikke giver samtykke til datalinkning, kan være forskellige på vigtige måder, såsom sociale blandingsmønstre, der kan påvirke risikoen for infektion.

Derudover kan amplituden af ​​forskellene mellem vacciner være overdrevet for vores estimater af vaccineeffektivitet efter vaccinetype, selvom vi kontrollerede for alder og runde i vores prøve. Dette skyldes, at der var forskellige aldersspecifikke mønstre i vaccinelevering (hvor ChAdOx1 n Cov-19 [Oxford-AstraZeneca]-vaccinen primært blev administreret til personer i alderen over eller lig med 40 år) samt forskelle i transmissionsdynamik for de aldersgrupper, der modtog de forskellige vacciner. REACT-1 var ikke i felten i august 2021, så der var en forsinkelse på næsten 2 måneder mellem afslutningen af ​​runde 13 den 12. juli og begyndelsen af ​​runde 14 den 9. september 2021.

Selvom det er muligt, at estimater for vaccineeffektivitet kan variere over denne periode, fandt vi ikke beviser for en interaktion mellem rund- og vaccineeffekter. Som konklusion fandt vi tegn på den stigende forekomst af podningspositivitet blandt børn i skolealderen samt en højere forekomst af podningspositivitet 3-6 måneder efter to-dosis vaccination mod COVID-19 hos voksne. Igangværende bestræbelser på at vaccinere børn i skolealderen og levere en boosterdosis til alle voksne i alderen 18 år og ældre bør bidrage til at modvirke enhver reduktion i immunitet på både individ- og befolkningsniveau. I vintersæsonen i England kommer NHS typisk under pres fra influenza og andre vira, og dette er blevet forværret i løbet af december 2021 af den hurtige stigning i omicron-infektioner. Det er derfor vigtigt, at vaccinationsprogrammet bibeholder en høj dækning, herunder boostere, og når ud til høje andele af børn og uvaccinerede eller delvist vaccinerede voksne for at reducere SARS-CoV-2-overførslen og de dermed forbundne forstyrrelser i arbejde og uddannelse.

cistanche tubolosa supplement: forbedre immuniteten

Referencer

1 Fælles Udvalg for Vaccination og Immunisering. Rådgivning om prioriterede grupper for COVID-19-vaccination, 30. december 2020.

2 Riley S, Wang H, Eales O, et al. REACT-1 runde 12-rapporter: genopblussen af ​​SARS-CoV-2-infektioner i England forbundet med øget hyppighed af Delta-varianten. medRxiv 2021; offentliggjort online 21. juni.

3 NHS England. COVID-19-vaccinationer.

4 Det britiske undervisningsministerium. Vejledning: handlinger for skoler under udbruddet af coronavirus. 2. juli 2020.

5 BBC News. De første skotske elever er tilbage på skolen for et nyt semester ud over niveau nul. BBC.

6 Riley S, Ainslie KEC, Eales O, et al. Genopblomstring af SARS-CoV-2: påvisning ved fællesskabsviral overvågning. Science 2021; 372: 990-95.

7 Riley S, Atchison C, Ashby D, et al. Real-time Assessment of Community Transmission (REACT) af SARS-CoV-2 virus: undersøgelsesprotokol. Velkommen Open Res 2020; 5:200.

8 Quick J. nCoV-2019 sekventeringsprotokol v3 (Locost). 2020; offentliggjort online 25. august. https://www.protocols.io/view/ncov-2019- sequencing-protocol-v3-Locost-bh42j8ye (tilganget 4. maj 2021).

9 Baker DJ, Aydin A, Le-Viet T, et al. CoronaHiT: high-throughput sekventering af SARS-CoV-2 genomer. Genome Med 2021; 13:21.

10 [Ingen forfattere anført]. En Nextflow-pipeline til at køre ARTIC-netværkets feltbioinformatikværktøjer. Github.

11 [Ingen forfattere anført]. Fylogenetisk tildeling af navngivne globale udbrudslinier (PANGOLIN). Github.

12 Sharot T. Resultater af vægtningsundersøgelse. J Mark Res Soc 1986; 23: 269-84. 13 Hoffman MD, Gelman A. Prøvetageren uden U-sving: adaptiv indstilling af stilængder i Hamiltonian Monte Carlo. J Mach Learn Res 2014; 15: 1533-623.

14 Bi Q, Wu Y, Mei S, et al. Epidemiologi og overførsel af COVID-19 i 391 tilfælde og 1286 af deres nære kontakter i Shenzhen, Kina: en retrospektiv kohorteundersøgelse. Lancet Infect Dis 2020; 20: 911-19.

15 Wallinga J, Lipsitch M. Hvordan generationsintervaller former forholdet mellem vækstrater og reproduktionstal. Proc Biol Sci 2006; 274: 599-604.

16 Lang S, Brezger A. Bayesian P-Splines. J Comput Graph Stat 2004; 13: 183-212.

17 Kontoret for National Statistik. Coronavirus (COVID-19) seneste indsigt: infektioner. 7. januar 2022.

18 UK Department for Health and Social Care. Pressemeddelelse: Storbritannien bevæger sig ind i næste fase af vaccineudrulning, da regeringens mål nåede tidligt. 13. april 2021.

19 Elliott P, Haw D, Wang H, et al. Eksponentiel vækst, høj forekomst af SARS-CoV-2 og vaccineeffektivitet forbundet med Delta-varianten. Science 2021; 374: eabl9551.

20 UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 varianter af bekymring og varianter under undersøgelse i England. Teknisk orientering 25. 15. oktober 2021.

21 Lopez Bernal J, Andrews N, Gower C, et al. Effektivitet af Covid-19-vacciner mod B.1.617.2 (Delta)-varianten. N Engl J Med 2021; 385: 585-94.

22 Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC, et al. Virkning af Delta-variant på virusbyrden og vaccineeffektiviteten mod nye SARS-CoV-2-infektioner i Storbritannien. Nat Med 2021; offentliggjort online

23 Folkesundhed England. COVID-19-vaccineovervågningsrapporter (uge 19 til 38). 14. maj 2021.

24 UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 varianter af bekymring og varianter under undersøgelse i England. Teknisk briefing: opdatering om hospitalsindlæggelse og vaccineeffektivitet for Omicron VOC-

25 Jones TC, Biele G, Mühlemann B, et al. Estimering af smitsomhed under hele SARS-CoV-2-infektionsforløbet. Science 2021; 373: eabi5273.

26 Bellon M, Baggio S, Jacquerioz Bausch F, et al. Svært akut respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral belastningskinetik hos symptomatiske børn, unge og voksne. Clin Infect Dis 2021; 73: e1384–86.

27 Li B, Deng A, Li K, et al. Viral infektion og transmission i et stort, velsporet udbrud forårsaget af SARS-CoV-2 Delta-varianten. MedRxiv 2021; offentliggjort online 23. juli.

28 Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, et al. Beskyttelse af BNT162b2-vaccinebooster mod Covid-19 i Israel. N Engl J Med 2021; 385: 1393-400.

29 UK Health Security Agency. COVID-19-vaccination: en guide til booster-vaccination for personer på 40 år og derover.