Del 2: Cistanche-almindelige risikovarianter i NPHS1 og TNFSF15 er forbundet med steroidfølsomt nefrotisk syndrom i barndommen

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Cistanche kan hjælpe med nefrotisk syndrom

DISKUSSION

Den nuværende japanske GWAS med den største prøvestørrelse til dato og replikation i flere kontinentale populationer identificerede almindelige varianter i NPHS1- og TNFSF15-regionerne som nye modtagelighedsfaktorer for barndoms SSNS. Post-GWAS-analyse af kromosom 19-locuset identificerede en potentiel transkriptionel mekanisme, hvorved NPHSI-risikohaplotypen kan bidrage til sygdom. Endelig bemyndigede den større prøvestørrelse yderligere finkortlægning af de tidligere implicerede HLA-loci.1"Samlet udvider og forbedrer disse fund markant vores forståelse af den genetiske baggrund for barndoms SSNS. De identificerer nephrin, det proinflammatoriske cytokintumornekrosefaktor-superfamiliemedlem 15(TNFSF15), og deres tilknyttede molekyler som nye mål for biologisk undersøgelse for bedre at forstå SSNS og potentielt for terapeutisk udvikling. Endelig giver associationen med almindelige varianter i NPHSI-locuset et andet eksempel, der viser, at gener fra Mendelsk nyresygdom kan rumme følsomhedsvarianter for en mere almindelig multifaktoriel sygdom (SSNS).

Sjældne mutationer i NPHS1 forårsager en medfødtnefrotisksyndromaf den finske type, en sjælden monogennefrotisksyndromsom er steroid-resistent og har en dårlig nyreprognose. Overraskende nok afslørede den nuværende undersøgelse, at varianter i NPHS1 er forbundet med modtagelighed for SSN'er.

Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the significant SNPs in the NPHSI locus was the synonymous variant rs2285450(c.294 C>T) i exon 3. Tidligere har Sun et al. rapporterede en højere frekvens af rs2285450 mindre allel i kinesisk sporadisknefrotisksyndrompatienter fra Singapore end i kontroller (20 procent vs. 13 procent, P= 0.025) og viste, at risikoallelen resulterede i en nedsat evne til at hæmme TRPC6-strømme i HEK293-M1-celler via patch- klemme, som kan forklare følsomhed over for proteinuri.27,28 Denne undersøgelse giver uafhængig støtte til rs2285450 som en risikofaktor for SSNS og foreslår en alternativ mekanisme for følsomhed over fornefrotisk syndromkræver yderligere undersøgelse.

cistancheer god tilnefrotisk syndrom

Ved at bruge parrede humane genetiske og glomerulære transkriptomiske data observerede vi ikke forskelle i total NPHS1-ekspression som funktion af denne risikohaplotype. Imidlertid tillod RNA-seq-data observation af signifikant ASE, hvilket resulterede i lavere NPHSI-ekspression fra haplotypen, der huser risikoallelerne (Supplerende figur S11). En række af risikovarianterne på dette locus var synonyme med exoniske ændringer i NPHS1. Vi fokuserede derfor mere på NPHSI og forfulgte ikke diskussionen om KIRREL2's rolle i potentielle sygdomsmekanismer. Fremtidigt arbejde bør omfatte: (i) validering af denne observation hos yderligere patienter med genotypebestemmelse og nyreekspressionsdata; og (ii) at få en mekanistisk forståelse af, hvordan denne ASE af NPHSI bidrager til eller forårsager forbindelsen med SSN'er, som vi observerede. Potentielle hypoteser for dysfunktion omfatter: (i) øget byrde på cellen for at producere den nødvendige mængde nephrin fra referencekromosomet, hvilket fører til cellulær stress og øget modtagelighed for skader; og (i) potentielt dysfunktionelt nephrinprotein produceret fra risikohaplotypen (f.eks. via differentielle posttranslationelle modifikationer), hvilket resulterer i en unormal glomerulær filtrationsbarriere.

Genetiske polymorfier på 9q32-locuset er forbundet med adskillige autoimmune og inflammatoriske sygdomme.23,29-31 Det mest sandsynlige sygdomsfremkaldende gen i 9q32 er TNFSF15, som koder for TNFSF15. I denne undersøgelse blev den signifikante sammenhæng mellem rs4979462 replikeret uafhængigt og yderligere styrket af en transetnisk meta-analyse. Tidligere identificerede Hitomi et al.3 rs4979462 som en funktionel variant ved in vitro funktionel analyse ved hjælp af luciferase-assay og elektroforetisk mobilitetsskift-assay. Super-shift-assay afklarede, at risikoallelen(T) af rs4979462 genererede et nyt NF-1-bindingssted.2 Derudover har adskillige rapporter vist, at risikoallelen for rs4979432 påvirker ekspressionsniveauet af TNFSF15-mRNA.{{ 19}}Yderligere undersøgelser er nødvendige for at bekræfte sammenhængen mellem TNFSF15 og SSNS hos børn.

I denne undersøgelse blev varianterne i NPHSI og TNFSF15 loci identificeret og replikeret hovedsageligt i de østasiatiske (japanske og koreanske) og sydasiatiske populationer, hvor en højere forekomst af sygdommen er blevet rapporteret. I modsætning hertil var frekvenserne af risikoalleler af kandidat-SNP'er i NPHS1 sjældne hos mennesker af europæisk herkomst (tabel 1). Disse resultater kan delvist forklare den epidemiologiske forskel mellem populationer set ud fra sygdomsassocierede polymorfismer. Denne forskel er yderligere illustreret ved fraværet af signifikante signaler i vores japanske datasæt i CALHM6/FAM26F- og PARMl-regionerne, som blev detekteret i en homogen kohorte af europæiske aner.5

Med det overvejende bidrag fra HLA-DR/DQ-gener var gensæt af større histokompatibilitetskompleks klasse II proteinkompleks og større histokompatibilitetskompleks klasse II receptoraktivitet stærkt forbundet med sygdommen. Medfødt immunrespons blev også identificeret som et signifikant gensæt med moderat effekt. Det medfødte immunsystem, herunder aktivering af professionelle celler (antigen-præsenterende celler og B-celler/Toll-lignende receptorer), samt det adaptive immunsystem, hvori HLA-molekyler spiller en afgørende rolle, er involveret i sygdomsprocessen og responsen til behandling.3,4

Omkring 90 procent af arveligheden af ​​SSNS i barndommen var bidraget fra almindelige varianter, selvom varianter med relativt sjældne allelfrekvenser (MAF: 0,5 procent -5 procent ) også blev taget i betragtning. En stor del af sygdommens arvelighed forbliver dog uopklaret. Andre sygdomsassocierede varianter i ikke-HLA-regioner kan identificeres ved fremtidige genom-dækkende undersøgelser med større prøvestørrelser, især for patienter af europæiske og andre ikke-østasiatiske aner, da sygdomsassocierede polymorfier i ikke-HLA-regioner stadig i vid udstrækning er ukendt.

I denne undersøgelse har prøvestørrelserne i replikationskohorter med forskellige aner begrænset kraften til replikering af signaler med mindre effektstørrelser. Befolkningsstratificering kan forekomme i replikationsstadiet på grund af manglende justering. Desuden kan batch-effekter være opstået mellem tilfælde og kontroller, når allelfrekvenser fra offentlige databaser blev brugt som populationsmatchede kontroller.

Sammenfattende giver opdagelserne her nye SSNS-loci. Især NPHS1-locuset giver et provokerende nyt koncept for sygdommens patogenese, der forbinder og forstærker et spirende paradigme inden for nefrologi - i visse gener, der huser Mendelske varianter, kan mere almindelige alleler øge modtageligheden for multifaktorielle, polygene sygdomme, som tidligere demonstreret for UMOD, COL4A3 og NPHS2.26,35- Endelig understreger de nuværende resultater igen vigtigheden af ​​at udføre genomisk forskning i forskellige populationer. Ved at gøre det opdagede vi specifikke SNP'er, der sandsynligvis vil have mere indflydelse på øst- og sydasiatiske populationer, mens vi identificerede gener og loci, der kan være vigtige i alle populationer, som vi ville være statistisk blinde for, hvis vi bruger en europæisk opdagelseskohorte.

Cistanche kan hjælpe med nefrotisk syndrom

METODER

Se Supplerende metoder for yderligere detaljer.

Prøver

På opdagelsesstadiet blev 1018 japanske patienter diagnosticeret med SSNS i barndommen (startalder<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotyping og hel-genom-imputation i opdagelsesstadiet

I opdagelsesstadiet blev 1018 tilfælde og 3331 kontroller genotypet ved hjælp af Affymetrix Japonica-arrayet. Nitten prøver blev udelukket af en lav opkaldstakst(<97%) during="" the="" genotype="" calling="" process.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute4-(version="" 2.3.1)using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="">